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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001722`

染色体: Chr06 坐标: 19841756-19851735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001722`
名称	SmilChr06G001722
描述	AMSH-like ubiquitin thioesterase 1
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	19841756 - 19851735 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990373`
GeneID	`130990373`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990373`
原始查询	`LOC130990373`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AMSH-like ubiquitin thioesterase 1
产物	AMSH-like ubiquitin thioesterase 1
Arabidopsis	`AT1G48790` (AMSH1) associated molecule with the SH3 domain of STAM 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841301] identity=59.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0338200` - identity=47.1; qcov=1.05; evalue=7.06e-150; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005768 (endosome); GO:0016020 (membrane); GO:0061578 (K63-linked deubiquitinase activity); GO:0070536 (protein K63-linked deubiquitination); GO:0071108 (protein K48-linked deubiquitination); GO:0140492 (metal-dependent deubiquitinase activity)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01398 (JAB); PF08969 (USP8_dimer); PF14464 (Prok-JAB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990373

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770578.1`
2	Endosome	内体	1.00000	`XP_057770578.1`
3	Vesicle	囊泡	0.80000	`XP_057770578.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.60000	`XP_057770578.1`
5	Endosome membrane	内体膜	0.60000	`XP_057770578.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:19843894`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	C52,D6
`Chr6:19843894`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	C52,D6
`Chr6:19843896`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C52,D6
`Chr6:19843896`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C52,D6
`Chr6:19844087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr6:19844131`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A8
`Chr6:19844131`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A8
`Chr6:19844410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B3,B57,B98,C62
`Chr6:19846917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr6:19847132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770578.1

508 aa

254

508

USP8_dimer

JAB

Prok-JAB

PF08969 USP8_dimer 13-107 aa PF01398 JAB 333-439 aa PF14464 Prok-JAB 349-431 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770578.1`	Pfam	`PF08969`	USP8_dimer	Domain	13	107	6.7e-12	46.3	USP8 dimerisation domain
`XP_057770578.1`	Pfam	`PF01398`	JAB	Domain	333	439	8.8e-20	71.4	JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
`XP_057770578.1`	Pfam	`PF14464`	Prok-JAB	Family	349	431	1e-07	32.5	Prokaryotic homologs of the JAB domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914595.1
AACTCTAGAGTAAAATGCGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCATAGCCTTGGGGGTGGCCGAACGGCGTCGTTTGGCCCTCGGACTTTCCACATCTGGATGTGGATATTGTTCTTCTCCTTCGCTCTTCCAAGCCGAAAAGTCACCGATCAATCAACTTTCACAGAATTCAGAGAGAGAAAGAGAGTTTTAATCAAAGATGATAACTCGATCTTCAAATGGAGGACGATTTAGCATCGCCGCCGTTACCAAGAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990373
ATGATAACTCGATCTTCAAATGGAGGACGATTTAGCATCGCCGCCGTTACCAAGAAGATCGACGTTGACAATCGAATTTCTCTGCGCTATTACTACAGAATTGCCGATAATATTCTCAAGCAGGCTGACATCTTTCGTGAAGAAAAGAATATTATTGACCTGTATGTCATGCTCCTTAGATTCTCAAGTTTGGTGACTGAGACAATACCATGCCATCAAGAGTATAGAACATCTCTACAGAGCAGTAAACTATATCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770578.1
MITRSSNGGRFSIAAVTKKIDVDNRISLRYYYRIADNILKQADIFREEKNIIDLYVMLLRFSSLVTETIPCHQEYRTSLQSSKLYLKRKLKTALTELEELKPAVSDKLQELQYKQTYQLNKQQKSQRSETLESSVERPLVRRNLNDYTRKQPVTNQYGYQVPNALSLSKTTGEHLQRVSLSIPRPKEETLSKHSILGPNGLRGQWQGPTHYKVQYPSNLDFTPIQIPGIISTQNSIEDGIVMKEENGCSEQDKSSLESVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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