当前解析结果
SmilChr01G003147| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003147 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003147 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003147 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50283121 - 50287078 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990375 |
|---|---|
| GeneID | 130990375 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990375 |
| 原始查询 | LOC130990375 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841823]; symbol=AT1G53860; hit=AT1G53860; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841823]; symbol=AT1G53860; hit=AT1G53860; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G53860 (AT1G53860)Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841823] identity=47.9; qcov=0.978; evalue=3.7e-117; confidence=high |
| Rice | Os11g0616300 (OsREM6.4)- identity=43.4; qcov=1.1; evalue=2.23e-112; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03763 (Remorin_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990375 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057770583.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057770583.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057770583.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770583.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770583.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50285205 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B121,B140,C17 |
Chr1:50285252 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:50285343 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr1:50285993 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:50286134 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770583.1PF03763
Remorin_C 342-443 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770583.1 |
Pfam | PF03763 |
Remorin_C | Family | 342 | 443 | 1.3e-24 | 86.8 | Remorin, C-terminal region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。