Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003148

染色体: Chr01 坐标: 50291613-50292790 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003148
名称SmilChr01G003148
描述uncharacterized SmilChr01G003148
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50291613 - 50292790 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990392
GeneID130990392
locus_tag-
NCBI NameLOC130990392
原始查询LOC130990392

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述LL-diaminopimelate aminotransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820648]; symbol=AT3G14280; hit=AT3G14280; species=arabidopsis; confidence=low
产物LL-diaminopimelate aminotransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820648]; symbol=AT3G14280; hit=AT3G14280; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G14280 (AT3G14280)
LL-diaminopimelate aminotransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820648]
identity=56.7; qcov=0.492; evalue=1.79e-16; confidence=low
RiceOs06g0193300
-
identity=58.3; qcov=0.393; evalue=2.69e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990392

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770615.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057770615.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770615.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770615.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770615.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50291922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B14,C26,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914632.1
TGATTAGGCAGCAACACCTAATGTCCTTGTTTCCTTCTTATTAAAAAAATTATTTAATGAATATATTGTTCTAAACCTAAAAGCCAAGAATTCCAACCTCAAATCAACCATTTCTTTATATACACAAATATAATGTTTTCTCAATCACTCTCTCCACTAAGTCCCCACAAACTTATAAAGAACATAGACCAACAAAAAACCTCTCCATTTTCTCTATTGTTTCACCTCTTCCAAAAAACTTATATGAATCATGGCTATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990392
ATGGCTATAAGCTTATCGACTATTGTTTCATCTTCTATTCCAATATTGGCCCTCGATTCGAGCAAACGGGCTCCGAGGGCCAGGGGTAGTTTGGTCATTATGTGTGCCACAAATCCTGCTCCATCTGGCCTTCAGATCAGATCATATGATCACAACAAGATCAAGGTGTTTGAAGATAAATTAAATGGTATCATTTGCTACAAGGATGGAAATGGGGAGATGATTTGCGAAGGTTACGATGAGGGTCCTCGTTTTTCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770615.1
MAISLSTIVSSSIPILALDSSKRAPRARGSLVIMCATNPAPSGLQIRSYDHNKIKVFEDKLNGIICYKDGNGEMICEGYDEGPRFSQQISRFTSNSSGDAEIIELLQRCLLHASDEKELTIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器