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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000631

染色体: Chr06 坐标: 5578554-5578892 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000631
名称SmilChr06G000631
描述uncharacterized SmilChr06G000631
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5578554 - 5578892 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990395
GeneID130990395
locus_tag-
NCBI NameLOC130990395
原始查询LOC130990395

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0205337
-
identity=36; qcov=0.768; evalue=1.23e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990395

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770618.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770618.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770618.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770618.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770618.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5578638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C33
Chr6:5578645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:5578689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:5578717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B12,C49,C9
Chr6:5578773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr6:5578796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B135
Chr6:5578800 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 44 A7,A8,B113,B124,B127,B128,B129,B132,B16,B18,B2,B25,B27,B29,B46,B57,B58,B67,B78,B83,B86,C14,C16,C18,C19,C31,C35,C36,C37,C4,C44,C45,C50,C52,C53,C57,C59,C6,C64,C66,C8,C81,D8,D9
Chr6:5578820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr6:5578821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:5578834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B135
Chr6:5578853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914635.1
ATGTGGTTCGCGAACCTCCACGGAATATCTATCACAGATAGGCTTACGGCGGTATCTGAATCTCTATCTATATGGGCCTCACATGCACGTCGCAATGCCCATCGCACAAAGAATAAGCTGCAAAACCAGATATCGGCTCTTCAAGGGAGAAGCGATTCTTTCTCTATTTCTAAGATGAGTCAGGTGAGGAAAGAACTAGCTGAAGTACTACTCCGTGAGGAAGCTCATTTGAGGCAAAGAGCCAAACAGCACTGGCTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990395
ATGTGGTTCGCGAACCTCCACGGAATATCTATCACAGATAGGCTTACGGCGGTATCTGAATCTCTATCTATATGGGCCTCACATGCACGTCGCAATGCCCATCGCACAAAGAATAAGCTGCAAAACCAGATATCGGCTCTTCAAGGGAGAAGCGATTCTTTCTCTATTTCTAAGATGAGTCAGGTGAGGAAAGAACTAGCTGAAGTACTACTCCGTGAGGAAGCTCATTTGAGGCAAAGAGCCAAACAGCACTGGCTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770618.1
MWFANLHGISITDRLTAVSESLSIWASHARRNAHRTKNKLQNQISALQGRSDSFSISKMSQVRKELAEVLLREEAHLRQRAKQHWLKDGDSNTRFFHAMASSRKKKNSIAQL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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