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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000779

染色体: Chr06 坐标: 7313150-7314058 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000779
名称SmilChr06G000779
描述uncharacterized SmilChr06G000779
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7313150 - 7314058 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990425
GeneID130990425
locus_tag-
NCBI NameLOC130990425
原始查询LOC130990425

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0315200
-
identity=35.1; qcov=0.556; evalue=2.28e-23; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770642.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770642.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770642.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057770642.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770642.1
302 aa
N
1
151
302
PEG10_N-capsid
zf-CCHC
C
PF03732 PEG10_N-capsid 30-110 aa PF00098 zf-CCHC 268-283 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770642.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 30 110 9e-14 52.3 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057770642.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 268 283 6.8e-07 29.8 Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914659.1
ATGGCTGGAGAAGGAGAAAGAGGACCTAACCCTGAAGGACATGCGCCACGAATTATACCAGAGCGTAGTGTGGAAGAAAGGTTTCGCAAGCATAATCCACCAACTTTTGATGGCCTCGGTAATCCTCTGGATGCCGAGAGATGGGTAAGAGCTACTGAAAGGATACTCAACCACGTTGGCTGTGGGGATAGGGAGAAACTCACATGCGCAATTTTTCAACTCGTTGATGAGGCTGAATTCTGGTGGGAATCGGTGCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990425
ATGGCTGGAGAAGGAGAAAGAGGACCTAACCCTGAAGGACATGCGCCACGAATTATACCAGAGCGTAGTGTGGAAGAAAGGTTTCGCAAGCATAATCCACCAACTTTTGATGGCCTCGGTAATCCTCTGGATGCCGAGAGATGGGTAAGAGCTACTGAAAGGATACTCAACCACGTTGGCTGTGGGGATAGGGAGAAACTCACATGCGCAATTTTTCAACTCGTTGATGAGGCTGAATTCTGGTGGGAATCGGTGCGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770642.1
MAGEGERGPNPEGHAPRIIPERSVEERFRKHNPPTFDGLGNPLDAERWVRATERILNHVGCGDREKLTCAIFQLVDEAEFWWESVRRTLTPEQWEVYTWNDFKERLYEKYIPGCCRKKKQDEFWNLRQGSMTVTEYDRMFNQLSRYAPHLVDTDEKCAEKFRQGLRLEIAVPLASQGALTYAQSLSRALNIEAILPKEKENVLAQAPTQDYGKMNRKWEDGNEGNPGKRKQPWRGNRQQQQGHAEGKPLCPTCQKNHYGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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