Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000825`

染色体: Chr06 坐标: 7755357-7758177 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000825`
名称	SmilChr06G000825
描述	uncharacterized SmilChr06G000825
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	7755357 - 7758177 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990435`
GeneID	`130990435`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990435`
原始查询	`LOC130990435`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=24.1; qcov=0.741; evalue=3.97e-45; confidence=weak
Rice	`Os06g0704400` - identity=31.6; qcov=0.796; evalue=5.56e-82; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990435

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770651.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770651.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770651.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770651.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057770651.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:7755430`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B30,B65,C82
`Chr6:7755430`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B30,B65,C82
`Chr6:7755644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C42,D11
`Chr6:7755658`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr6:7755674`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B45,B68,C45
`Chr6:7755766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr6:7755848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C54,C64,C66
`Chr6:7755925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B37,B68,D11
`Chr6:7755943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	B12,B55,B60,B66,B68,B82,C12,C5,C62,C71,C8,C82
`Chr6:7755968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B117,B127,B68,C19,C85,D11,D3
`Chr6:7756018`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A16
`Chr6:7756018`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770651.1

790 aa

395

790

DBD_Tnp_Mut

MULE

PF03108 DBD_Tnp_Mut 137-201 aa PF10551 MULE 330-425 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770651.1`	Pfam	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	Family	137	201	4.7e-06	26.9	MuDR family transposase
`XP_057770651.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	330	425	7.6e-14	52.6	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914668.1
ATGAGATCTTTGCATGTCTTTGTTAATGTGGGAAGAAAGTCTACAGGAACTCCAGTTGAGGGTAGTAAAACTGTGGTAGAAAAATTAACAGAGGATGTAGCATATGGTAGTGATGAGAGTGATGGGAATCCAGAGGATAAGGATGAAGCAGATGGTAGTGATGAGGTGCTGGGGAATTCAGATGATGATGATAGTGTAGAAGCTAATGCTAACCTGAATGATGATGAAATGTTTGATTATATAGAAAATTATGTAATGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990435
ATGAGATCTTTGCATGTCTTTGTTAATGTGGGAAGAAAGTCTACAGGAACTCCAGTTGAGGGTAGTAAAACTGTGGTAGAAAAATTAACAGAGGATGTAGCATATGGTAGTGATGAGAGTGATGGGAATCCAGAGGATAAGGATGAAGCAGATGGTAGTGATGAGGTGCTGGGGAATTCAGATGATGATGATAGTGTAGAAGCTAATGCTAACCTGAATGATGATGAAATGTTTGATTATATAGAAAATTATGTAATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770651.1
MRSLHVFVNVGRKSTGTPVEGSKTVVEKLTEDVAYGSDESDGNPEDKDEADGSDEVLGNSDDDDSVEANANLNDDEMFDYIENYVMPNEKEGDEEALSEYAESDGEVYTSNTEEEGEPVKIKRPRIVYDPKCRHKDLKIELGMRFESGYQCRKALRTWAIENEKFIHFKRVSVVQCEAVCVEGYKWRVCASIVREDKSFKVKTYVGVHTCPTALSNKLLTSEWIANRYLEIFRANMNWSVKELKGDIMRMFKVSVPKDRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器