当前解析结果
SmilChr06G000853| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000853 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000853 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000853 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8075965 - 8079046 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990442 |
|---|---|
| GeneID | 130990442 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990442 |
| 原始查询 | LOC130990442 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0210500; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os01g0210500; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G17100 (HBP1)SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838280] identity=34; qcov=0.951; evalue=8.64e-29; confidence=low |
| Rice | Os01g0210500- identity=38.4; qcov=0.931; evalue=7.73e-32; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04832 (SOUL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990442 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057770658.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770658.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770658.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770658.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770658.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8076040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,B113 |
Chr6:8076118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr6:8078666 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B10,B113,D2 |
Chr6:8078666 |
TAC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B10,B113,D2 |
Chr6:8078699 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | A13,A16,A18,B109,B19,B50,B60,B88,B91,C85 |
Chr6:8078718 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B58,C5,C62,C80 |
Chr6:8078733 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B49 |
Chr6:8078733 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr6:8078849 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,B104 |
Chr6:8078914 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770658.1PF04832
SOUL 32-201 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770658.1 |
Pfam | PF04832 |
SOUL | Family | 32 | 201 | 2e-40 | 139.3 | SOUL heme-binding protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。