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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000853

染色体: Chr06 坐标: 8075965-8079046 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000853
名称SmilChr06G000853
描述uncharacterized SmilChr06G000853
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8075965 - 8079046 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990442
GeneID130990442
locus_tag-
NCBI NameLOC130990442
原始查询LOC130990442

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0210500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os01g0210500; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G17100 (HBP1)
SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838280]
identity=34; qcov=0.951; evalue=8.64e-29; confidence=low
RiceOs01g0210500
-
identity=38.4; qcov=0.931; evalue=7.73e-32; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04832 (SOUL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990442

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057770658.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770658.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770658.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770658.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770658.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8076040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B113
Chr6:8076118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr6:8078666 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B10,B113,D2
Chr6:8078666 TAC T 2bp_deletion CDS_variant 3 B10,B113,D2
Chr6:8078699 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 10 A13,A16,A18,B109,B19,B50,B60,B88,B91,C85
Chr6:8078718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B58,C5,C62,C80
Chr6:8078733 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr6:8078733 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr6:8078849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B104
Chr6:8078914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770658.1
204 aa
N
1
102
204
SOUL
C
PF04832 SOUL 32-201 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770658.1 Pfam PF04832 SOUL Family 32 201 2e-40 139.3 SOUL heme-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914675.1
ATGTTGTCAAGAAGATTAACAATTTGTTGGTTGGTAGGTGCATCAAAATGCAAGGGCGAGGGGTACGAAGCAGCACCAAATTGCGCACGCAACGAGTGCCCTGCATACACCGTGCTTCACTCTCACAAAGAATTCGAAATCAGAAGTTATAAGGATGCTAAATGGGTGCACTCTCCAACCATTTCCTCCAACTCTTACAAGCCAGCTGCTAGTAAGGCTTTCAGACAATTGTTTGCTTACTACAAGGGCAAGAATCGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990442
ATGTTGTCAAGAAGATTAACAATTTGTTGGTTGGTAGGTGCATCAAAATGCAAGGGCGAGGGGTACGAAGCAGCACCAAATTGCGCACGCAACGAGTGCCCTGCATACACCGTGCTTCACTCTCACAAAGAATTCGAAATCAGAAGTTATAAGGATGCTAAATGGGTGCACTCTCCAACCATTTCCTCCAACTCTTACAAGCCAGCTGCTAGTAAGGCTTTCAGACAATTGTTTGCTTACTACAAGGGCAAGAATCGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770658.1
MLSRRLTICWLVGASKCKGEGYEAAPNCARNECPAYTVLHSHKEFEIRSYKDAKWVHSPTISSNSYKPAASKAFRQLFAYYKGKNRENMIINMTSPVLVGVDNSAYTVYFYLPQMYQKSAPQPVRGEIKTVSLPLPGHKYAAVKRFDGMITDESIATNLESLKKSLEASPDYRRAAQEGLSMLAAYNSPRQLTNRVNEVFIWFN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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