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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000906

染色体: Chr06 坐标: 8537858-8538351 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000906
名称SmilChr06G000906
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 10
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8537858 - 8538351 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990447
GeneID130990447
locus_tag-
NCBI NameLOC130990447
原始查询LOC130990447

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 10
产物cysteine-rich receptor-like protein kinase 10
ArabidopsisAT4G23180 (CRK10)
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828417]
identity=46.9; qcov=0.695; evalue=1.91e-27; confidence=medium
RiceOs04g0634500 (OsRLCK166)
-
identity=44.4; qcov=0.83; evalue=6.92e-31; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990447

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770664.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057770664.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057770664.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770664.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770664.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8537902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr6:8537909 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 24 A15,A19,B101,B18,B24,B28,B30,B35,B62,B78,B93,C2,C32,C46,C52,C6,C68,C71,C75,C82,C85,D11,D4,D5
Chr6:8537912 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 24 A15,A19,B101,B18,B24,B28,B30,B35,B62,B78,B93,C2,C32,C46,C52,C6,C68,C71,C75,C82,C85,D11,D4,D5
Chr6:8537999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B92,C72
Chr6:8538048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C45
Chr6:8538124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:8538235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914681.1
ATGGAAGGCAGATTCTCAGAAAGATCCGATGTCTACAGCTTGGGAGTCCTTATGTTAGAGATAGTAAAAGGGGAAAAGAACTCACACTATTACAATCATGAATGGTCTTTGAGCCTCATAGGATGCGCATGGAAATTGTGGAGTGAAAATAATGGGTTGGGTTTTGCTGATGAAAGCATAGCAAGTGGAGAGATGGAAGAAGATATAGTAAGATGCATTCACATTGGGTTACTGTGTGTCCAAGATTCTCCCAAAGATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990447
ATGGAAGGCAGATTCTCAGAAAGATCCGATGTCTACAGCTTGGGAGTCCTTATGTTAGAGATAGTAAAAGGGGAAAAGAACTCACACTATTACAATCATGAATGGTCTTTGAGCCTCATAGGATGCGCATGGAAATTGTGGAGTGAAAATAATGGGTTGGGTTTTGCTGATGAAAGCATAGCAAGTGGAGAGATGGAAGAAGATATAGTAAGATGCATTCACATTGGGTTACTGTGTGTCCAAGATTCTCCCAAAGATAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770664.1
MEGRFSERSDVYSLGVLMLEIVKGEKNSHYYNHEWSLSLIGCAWKLWSENNGLGFADESIASGEMEEDIVRCIHIGLLCVQDSPKDRPIVQTVVSMLSREIAHSSSQAANLGGEVAWLGNRFNRTGKPSRILHESGHSHCA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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