Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000912

染色体: Chr06 坐标: 8633747-8634559 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000912
名称SmilChr06G000912
描述pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8633747 - 8634559 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990448
GeneID130990448
locus_tag-
NCBI NameLOC130990448
原始查询LOC130990448

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like
产物pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like
ArabidopsisAT5G33406 (AT5G33406)
hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]
identity=65.8; qcov=0.779; evalue=1.86e-67; confidence=high
RiceOs09g0499600
-
identity=38.1; qcov=0.605; evalue=1.28e-21; confidence=medium
GOGO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990448

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770665.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770665.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770665.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770665.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8633940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C69
Chr6:8633955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,C15,C20
Chr6:8633970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C51,C59
Chr6:8633972 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B140,B78,C17,C61
Chr6:8633972 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B140,B78,C17,C61
Chr6:8633981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B118,B129,C37
Chr6:8633998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C2,D7
Chr6:8634007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B78,C17,C61
Chr6:8634010 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 4 B28,C10,C41,C79
Chr6:8634010 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 4 B28,C10,C41,C79
Chr6:8634028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B74,B77,C74
Chr6:8634114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770665.1
195 aa
N
1
98
195
Dimer_Tnp_hAT
C
PF05699 Dimer_Tnp_hAT 2-66 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770665.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 2 66 5.6e-12 46.0 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914682.1
ATGTCTATAGCGGATTGGTGGTCTTGTTATGGATCTTCAAGTCCCAACCTCAAATCATTTGCAATAAAAGTTCTTAGCCTCACTTGTAGTGCTACCGGGTGCGAGAGAAATTGGAGTGTCTTTGAACATCTTCATACCAAGAAGAGAAACCGATTGGCACAAGATCAGCTCAATCACTTGGTTTATGTGAAGTACAATCGCACTTTGGAAAGGCGATACAAGAGGAAAGACACGATAGATCCTATTTTATTAGAAGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990448
ATGTCTATAGCGGATTGGTGGTCTTGTTATGGATCTTCAAGTCCCAACCTCAAATCATTTGCAATAAAAGTTCTTAGCCTCACTTGTAGTGCTACCGGGTGCGAGAGAAATTGGAGTGTCTTTGAACATCTTCATACCAAGAAGAGAAACCGATTGGCACAAGATCAGCTCAATCACTTGGTTTATGTGAAGTACAATCGCACTTTGGAAAGGCGATACAAGAGGAAAGACACGATAGATCCTATTTTATTAGAAGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770665.1
MSIADWWSCYGSSSPNLKSFAIKVLSLTCSATGCERNWSVFEHLHTKKRNRLAQDQLNHLVYVKYNRTLERRYKRKDTIDPILLEEIDDSNEWLLGHMDGDSSNEDSDLVFEDDNLTWSAVSKASGANDPIYSTRHASRVDKGKGVVASGSRTRRLLDENEDEDGDEEAEEMEEDIGEDKDDEGDGDDALNDDDY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器