当前解析结果
SmilChr06G000935| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000935 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000935 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000935 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8940038 - 8940409 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990454 |
|---|---|
| GeneID | 130990454 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990454 |
| 原始查询 | LOC130990454 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990454 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770671.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057770671.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770671.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770671.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770671.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8940051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C32 |
Chr6:8940067 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C30,C31,D11 |
Chr6:8940114 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,C46 |
Chr6:8940123 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,C46 |
Chr6:8940143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr6:8940162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr6:8940170 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,C39 |
Chr6:8940171 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,A5,B12,B55 |
Chr6:8940185 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B47,B95,C33,C74,C77 |
Chr6:8940193 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,D11,D9 |
Chr6:8940210 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B34,C30,C31,C34 |
Chr6:8940235 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770671.1PF00098
zf-CCHC 70-85 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770671.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 70 | 85 | 0.0001 | 23.0 | Zinc knuckle |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。