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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001098

染色体: Chr06 坐标: 10988677-10989454 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001098
名称SmilChr06G001098
描述uncharacterized SmilChr06G001098
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10988677 - 10989454 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990482
GeneID130990482
locus_tag-
NCBI NameLOC130990482
原始查询LOC130990482

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990482

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770695.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770695.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770695.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770695.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10988700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C27
Chr6:10988827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:10988840 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A4,A6,B1,B100,B119,B138,B34,B48,B50,B58,B7,B79,B85,B91,B94,C15,C17,C26,C47,C7
Chr6:10988846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr6:10988888 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 18 A20,A21,B105,B112,B113,B130,B132,B133,B31,B57,B65,B8,B84,C3,C39,C7,C77,C79
Chr6:10988918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr6:10988967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B59,B67,C13,C4,C46
Chr6:10989000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B59,B67,C10,C13,C4
Chr6:10989020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B28,C24
Chr6:10989021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B99,C30
Chr6:10989293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C49,C9
Chr6:10989304 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 57 A11,A21,A7,B100,B106,B108,B11,B113,B114,B130,B131,B133,B137,B14,B16,B17,B22,B23,B36,B38,B39,B5,B53,B56,B57,B58,B65,B7,B71,B73,B82,B95,B96,C17,C18,C2,C23,C24,C29,C3,C32,C35,C36,C39,C47,C51,C56,C57,C64,C73,C78,C79,C84,C9,D3,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914712.1
ATGCAGGAGTTTCGTGATGCTCTCGTGTATAGTGGCTTGTCCGAGTTGGAACCACCTAATACAGAGTTTATCTGGTGGAATAAGCGAAGGGGTGATATGATTTATGAGAGACTGGATCGTTTTGTCGCTAATAGGGGCTGGAAAGATGTTTTTCCTTGCATGGTTACTAAGAAGTGGTCGAAGGAGAAGTTTGGCAATCTCACTAAGCGGATTAAGAAGCTCCGGGAGGATCGAAATAAGCTAGTTCAGAATGTGAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990482
ATGCAGGAGTTTCGTGATGCTCTCGTGTATAGTGGCTTGTCCGAGTTGGAACCACCTAATACAGAGTTTATCTGGTGGAATAAGCGAAGGGGTGATATGATTTATGAGAGACTGGATCGTTTTGTCGCTAATAGGGGCTGGAAAGATGTTTTTCCTTGCATGGTTACTAAGAAGTGGTCGAAGGAGAAGTTTGGCAATCTCACTAAGCGGATTAAGAAGCTCCGGGAGGATCGAAATAAGCTAGTTCAGAATGTGAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770695.1
MQEFRDALVYSGLSELEPPNTEFIWWNKRRGDMIYERLDRFVANRGWKDVFPCMVTKKWSKEKFGNLTKRIKKLREDRNKLVQNVNSKISEEQILELTKKIEHAVEEEACHWKQRALVNWLANGDRNTKAFHVQASKRNEKRILKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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