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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001178`

染色体: Chr06 坐标: 11982009-11999099 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001178`
名称	SmilChr06G001178
描述	uncharacterized SmilChr06G001178
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	11982009 - 11999099 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990498`
GeneID	`130990498`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990498`
原始查询	`LOC130990498`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=41; qcov=0.113; evalue=1.66e-26; confidence=weak
Rice	`Os12g0142900` - identity=38.8; qcov=0.407; evalue=2.08e-111; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770708.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057770708.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057770708.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057770708.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770708.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:11982106`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr6:11982113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr6:11982173`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A6,B23,B9,C22,C30,C32,C72
`Chr6:11982202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B101,B51,C24,C39
`Chr6:11982204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C37,C71
`Chr6:11982206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B92
`Chr6:11982215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B130,C14
`Chr6:11982236`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C55
`Chr6:11982237`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr6:11982242`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B136,B95,C77,C87
`Chr6:11982244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr6:11982247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770708.1

1185 aa

592

1185

PEG10_N-capsid

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF03732 PEG10_N-capsid 111-166 aa PF00078 RVT_1 564-723 aa PF17919 RT_RNaseH_2 786-880 aa PF17917 RT_RNaseH 812-897 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770708.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	111	166	2.5e-08	34.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057770708.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	564	723	3.8e-33	115.8	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057770708.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	786	880	2.7e-30	105.1	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057770708.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	812	897	6.5e-26	91.3	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914725.1
ATGGTTCAAAATCGAGAGTTCATTGCTCTTGAGGAGCGGGTGAATCGGTTGGAAAGCTTGTTGGGGACGCCTCCTGAAACTTCCGCACGGGTTGCTGTCTTTGAGCGGATGCGAGAAGCGGAGATCGTGCTTGACACCATTCAAGCATCGGTTGTGGATGTGCGGAAGTCTATGCAGGATCTACCCGGATTTGTGGAAAGCCGAATTGTCTCTTGCGAGGAAGACGTGAACAATCAGGTGGAGGAGTTGTCCATGAAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990498
ATGGTTCAAAATCGAGAGTTCATTGCTCTTGAGGAGCGGGTGAATCGGTTGGAAAGCTTGTTGGGGACGCCTCCTGAAACTTCCGCACGGGTTGCTGTCTTTGAGCGGATGCGAGAAGCGGAGATCGTGCTTGACACCATTCAAGCATCGGTTGTGGATGTGCGGAAGTCTATGCAGGATCTACCCGGATTTGTGGAAAGCCGAATTGTCTCTTGCGAGGAAGACGTGAACAATCAGGTGGAGGAGTTGTCCATGAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770708.1
MVQNREFIALEERVNRLESLLGTPPETSARVAVFERMREAEIVLDTIQASVVDVRKSMQDLPGFVESRIVSCEEDVNNQVEELSMKVERLLDEMHVMKQAMRSTSKVRIPDPKSFEGTRSSKELENFLWDMESYFQAAHVADEEKVSITTMYLSGDAKLWWRSRQSGENHAQNRIEMDALRKLKHSGSVREYVKEFSSLMLDIREMSEEDKLFNFLARLQTWAQTELRRQGVKDLSSAIAAVDSLVDYKTMGSTESGQKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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