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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001182

染色体: Chr06 坐标: 12014431-12017047 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001182
名称SmilChr06G001182
描述uncharacterized SmilChr06G001182
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12014431 - 12017047 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990499
GeneID130990499
locus_tag-
NCBI NameLOC130990499
原始查询LOC130990499

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990499

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770710.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057770710.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770710.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770710.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770710.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:12014587 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 42 A14,A15,A16,A21,A24,A7,B108,B110,B111,B112,B118,B12,B128,B13,B140,B15,B18,B28,B3,B30,B42,B43,B54,B57,B67,B71,B82,B90,B92,C19,C33,C46,C52,C61,C64,C66,C74,C81,C83,C86,D5,D7
Chr6:12014594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:12014620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C42
Chr6:12014682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B32,B91,C86
Chr6:12014687 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 A14,D1
Chr6:12014687 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 A14,D1
Chr6:12014724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr6:12014744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,C18,C70
Chr6:12014785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B91
Chr6:12014788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C85
Chr6:12014803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr6:12014807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914727.1
ATGATTTTTCTACCACCCGTCGATTCTTGCCGCCCCACCGTGCCTGACGGCGCCGTCCGACGCCCGCTGCCATCCTTGACGAACGCCACCTTCACCGACGCCCACGACGGTGATTCTGCCCCCTGCCTTCCGACCCTGCTCCCGCCGTCCGCCTTTTCGACCATGTGCCCACCAAAGGTCTACATGCCTGGTGTCGTCCTTCCCCGCCGCTGCCCGACTACTACTGAACAACCCTCGCCGTCGCCGGAGACCCGCTGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990499
ATGATTTTTCTACCACCCGTCGATTCTTGCCGCCCCACCGTGCCTGACGGCGCCGTCCGACGCCCGCTGCCATCCTTGACGAACGCCACCTTCACCGACGCCCACGACGGTGATTCTGCCCCCTGCCTTCCGACCCTGCTCCCGCCGTCCGCCTTTTCGACCATGTGCCCACCAAAGGTCTACATGCCTGGTGTCGTCCTTCCCCGCCGCTGCCCGACTACTACTGAACAACCCTCGCCGTCGCCGGAGACCCGCTGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770710.1
MIFLPPVDSCRPTVPDGAVRRPLPSLTNATFTDAHDGDSAPCLPTLLPPSAFSTMCPPKVYMPGVVLPRRCPTTTEQPSPSPETRCQPPARESNVLFDEASWATFHRIHYKNGQYTAGRPVQHRLEVERRLGELRQTQEEVTPSDVDRIFREVVTPDPRGRIMGLGMMMLKAITESGESSSTHSTSTSWFPFSVASKAEVVTLREELEVRKQKEEAQSKVI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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