Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001192

染色体: Chr06 坐标: 12182339-12185048 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001192
名称SmilChr06G001192
描述vegetative cell wall protein gp1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12182339 - 12185048 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990500
GeneID130990500
locus_tag-
NCBI NameLOC130990500
原始查询LOC130990500

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述vegetative cell wall protein gp1-like
产物vegetative cell wall protein gp1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770711.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057770711.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770711.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770711.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770711.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:12182512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr6:12182660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B73,C57
Chr6:12182699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B140,B39,B6
Chr6:12182739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B43,C18,D5
Chr6:12182782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:12182800 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 19 A1,A16,A5,B111,B13,B133,B139,B37,B54,B58,B67,B73,B80,B88,B90,C14,C30,C33,C66
Chr6:12182806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr6:12182808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,C19,C4
Chr6:12182815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,C12,C27
Chr6:12182831 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C85
Chr6:12182833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B13,B94
Chr6:12182842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914728.1
ATGGGCATGATGTCACATATAATGTCTAGTGGATCCAGTACTCAGTCCACTAGCATGTCGCAGGCTGCTCTTGCTGCTTATCTTGAAGAGTTCCCATTTAATTTTGAATTGATTTATGTAGCTACACGCCTACACGCTACACCAGAACGGGCCCTTCCCATTTTCCCAAATCCCAATCCCAGCCGGCCGTCCCCCACATTTCAGATTTCATTCCCGTCTCCGGCGACCCACCCAGCGGCGCCCCTCTCAATCCAGAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990500
ATGGGCATGATGTCACATATAATGTCTAGTGGATCCAGTACTCAGTCCACTAGCATGTCGCAGGCTGCTCTTGCTGCTTATCTTGAAGAGTTCCCATTTAATTTTGAATTGATTTATGTAGCTACACGCCTACACGCTACACCAGAACGGGCCCTTCCCATTTTCCCAAATCCCAATCCCAGCCGGCCGTCCCCCACATTTCAGATTTCATTCCCGTCTCCGGCGACCCACCCAGCGGCGCCCCTCTCAATCCAGAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770711.1
MGMMSHIMSSGSSTQSTSMSQAALAAYLEEFPFNFELIYVATRLHATPERALPIFPNPNPSRPSPTFQISFPSPATHPAAPLSIQKSGDPSPAPRLASGSARLASHRLARPPFSSAAAVPRPSPPFPSPQSATLAAAAAAVRRRRCSLRAPTTTLTVDLEEDVLTG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器