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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001274

染色体: Chr06 坐标: 13338687-13339043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001274
名称SmilChr06G001274
描述homeobox-leucine zipper protein HOX20-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13338687 - 13339043 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990517
GeneID130990517
locus_tag-
NCBI NameLOC130990517
原始查询LOC130990517

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeobox-leucine zipper protein HOX20-like
产物homeobox-leucine zipper protein HOX20-like
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0481400 (Oshox20)
-
identity=34.9; qcov=0.898; evalue=1.52e-06; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
PfamPF00046 (Homeodomain)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770729.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057770729.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770729.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770729.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770729.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13338911 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 2 A16,C68
Chr6:13338911 TAG T 2bp_deletion CDS_variant 2 A16,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770729.1
118 aa
N
1
59
118
Homeodomain
C
PF00046 Homeodomain 3-53 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770729.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 3 53 8.4e-12 45.4 Homeodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914746.1
ATGAACAGGTTCCAAGTATATCAGGTGGATGCTCTAGAGGAGGCGTTTCAAGAGAGAGACCATCTGTCTAGAGAGAGAAAGGCTGAGCTGGTGGATCGAACAGGACTGGATGTGGAGCAGGTTACGAGCTGGTTTAACCGGAGACGAAAGCGGGAGCGAGACAGGGAGACGAGGAGGAGGTCAGAACGGAGGAATTCGGAGCTGGAGGAAGCTCTGAGGGAGAGTAGAGAGAGAGAGGCAGTGCTGCAACGTGAGGTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990517
ATGAACAGGTTCCAAGTATATCAGGTGGATGCTCTAGAGGAGGCGTTTCAAGAGAGAGACCATCTGTCTAGAGAGAGAAAGGCTGAGCTGGTGGATCGAACAGGACTGGATGTGGAGCAGGTTACGAGCTGGTTTAACCGGAGACGAAAGCGGGAGCGAGACAGGGAGACGAGGAGGAGGTCAGAACGGAGGAATTCGGAGCTGGAGGAAGCTCTGAGGGAGAGTAGAGAGAGAGAGGCAGTGCTGCAACGTGAGGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770729.1
MNRFQVYQVDALEEAFQERDHLSRERKAELVDRTGLDVEQVTSWFNRRRKRERDRETRRRSERRNSELEEALRESREREAVLQREVEDSKRRETALTAEIQSLRHQIGGFGQLIYQGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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