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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001464

染色体: Chr06 坐标: 15498627-15498923 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001464
名称SmilChr06G001464
描述uncharacterized SmilChr06G001464
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15498627 - 15498923 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990560
GeneID130990560
locus_tag-
NCBI NameLOC130990560
原始查询LOC130990560

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述fission regulator-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824917]; symbol=AT3G57500; hit=AT3G57500; species=arabidopsis; confidence=medium
产物fission regulator-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824917]; symbol=AT3G57500; hit=AT3G57500; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G57500 (AT3G57500)
fission regulator-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824917]
identity=62.5; qcov=0.735; evalue=6.29e-26; confidence=medium
RiceOs03g0696150
-
identity=61.7; qcov=0.612; evalue=2.58e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057770766.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770766.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770766.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770766.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770766.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15498627 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 10 A19,B24,B40,B47,B59,C40,C46,C48,C8,D2
Chr6:15498628 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 119 A13,A15,A16,A18,A21,A4,A5,A8,A9,B1,B103,B106,B107,B108,B110,B111,B112,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B133,B137,B139,B14,B18,B19,B21,B22,B23,B28,B30,B31,B33,B34,B35,B38,B39,B45,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B6,B60,B62,B63,B64,B68,B7,B75,B77,B79,B80,B82,B83,B85,B87,B9,B97,B98,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C17,C20,C21,C23,C25,C27,C28,C30,C38,C39,C43,C49,C5,C50,C52,C54,C56,C58,C6,C62,C64,C65,C66,C67,C69,C76,C77,C78,C82,C84,D10,D11,D3,D4,D5,D8
Chr6:15498629 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 67 A13,A16,A4,A5,B1,B107,B108,B110,B112,B114,B119,B12,B125,B13,B139,B14,B19,B22,B30,B34,B38,B39,B45,B48,B50,B52,B53,B60,B62,B63,B64,B68,B7,B75,B77,B79,B82,B83,B88,B97,C1,C11,C12,C13,C15,C17,C20,C21,C23,C25,C28,C30,C39,C43,C49,C5,C50,C52,C56,C6,C69,C77,C82,D11,D3,D4,D5
Chr6:15498650 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B103,B117,C45
Chr6:15498650 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 B103,B117,C45
Chr6:15498660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B30,B72
Chr6:15498697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr6:15498783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C79
Chr6:15498863 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B14,C75
Chr6:15498863 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B14,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914783.1
ATGGCTCAACTGCCGCCGTTGGTGGAGCCGCCACCGGTGGTGGCCGGGCACTCCACTCACCATTCGATGGAGACTCTGGTGGTAGTGTTGGCGGCGATCACGATCATCGCAGTCGTTGCCGGAATCATTGCTCGTCTCTGCGGCGGAGAGCATTCCGGTGGGGAACATGACGTGGAGGGATGGGTGGAGAGGAAGTGCCGGAGCTGCATTGATGGTGGCCTACCCACGGCCCCGCCACCGCTCGTCAAGGAGGCGGAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990560
ATGGCTCAACTGCCGCCGTTGGTGGAGCCGCCACCGGTGGTGGCCGGGCACTCCACTCACCATTCGATGGAGACTCTGGTGGTAGTGTTGGCGGCGATCACGATCATCGCAGTCGTTGCCGGAATCATTGCTCGTCTCTGCGGCGGAGAGCATTCCGGTGGGGAACATGACGTGGAGGGATGGGTGGAGAGGAAGTGCCGGAGCTGCATTGATGGTGGCCTACCCACGGCCCCGCCACCGCTCGTCAAGGAGGCGGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770766.1
MAQLPPLVEPPPVVAGHSTHHSMETLVVVLAAITIIAVVAGIIARLCGGEHSGGEHDVEGWVERKCRSCIDGGLPTAPPPLVKEAEPKPPGLKNQTSD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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