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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003171`

染色体: Chr01 坐标: 50517175-50521717 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003171`
名称	SmilChr01G003171
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	50517175 - 50521717 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990564`
GeneID	`130990564`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990564`
原始查询	`LOC130990564`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT4G32450` (MEF8S) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829380] identity=49.2; qcov=0.667; evalue=5.57e-148; confidence=high
Rice	`Os01g0737900` - identity=52.5; qcov=0.661; evalue=5.83e-167; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF14432 (DYW_deaminase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057770771.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057770771.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770771.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770771.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770771.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:50519700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr1:50519748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B14,C26
`Chr1:50519790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B73
`Chr1:50519807`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B77,B88
`Chr1:50519972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:50520008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B14,C26
`Chr1:50520010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C50,C84
`Chr1:50520038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B99,D7
`Chr1:50520048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B35
`Chr1:50520051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B52
`Chr1:50520060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,D7
`Chr1:50520113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,C50,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770771.1

649 aa

324

649

PPR

DYW_deaminase

PF01535 PPR 323-351 aa PF01535 PPR 354-383 aa PF14432 DYW_deaminase 557-649 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770771.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	323	351	6e-18	64.5	PPR repeat
`XP_057770771.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	354	383	6e-18	64.5	PPR repeat
`XP_057770771.1`	Pfam	`PF14432`	DYW_deaminase	Domain	557	649	5.9e-41	138.9	DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914788.1
GATTTCGAGTTGTTTTGTGTTGGATATATGTAGAAACGATTTTAAATATGGCAAGACCTCTTTAACTTGGATATATTTGAAATCTTTCTAGGAAACATGCTGCCCAACAACGACATTGGATCCCTCCTCAGCGGCTGAACGTCGACGTTTCTTATAGTGGGGGGATTATTGCTCATCGCATCGCATGGGTCGCACCGACACCACATTCATTCAATCTCATGCTTATGCGTATCGAGTTTTGCATATTGGCCCCCTATTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990564
ATGTACACCAGGAGAGCTTCGGCACTCGTCGCGCTCACTTCTCTGAGACGCGCAATTAAGGTATGTCGGAGAAATCCATCCGATTTTCGCTGCTCCGTGGAAATCCCTAATTTTGTTAGAAGTTTCAGAACTGCCTCTGAATCAGCTGACGCTTACAACAATTTTGATGGAGGTAGCGCTGAAAACCAATCGGGTTACGTAAATTTCAATCGAAATGATAAGTTTTATGGTGGGAGTTTAGGTGGAGTTGAACAGAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770771.1
MYTRRASALVALTSLRRAIKVCRRNPSDFRCSVEIPNFVRSFRTASESADAYNNFDGGSAENQSGYVNFNRNDKFYGGSLGGVEQNQNPSRVYGQTGTDGLNLSNTFANGGGSVQNQSGYSSSSFDSRNYVRNVVGREADRIPNRQNYCGHMGNGTFQQNVSSNGGFSDAAPLNHGGGRLENSRGGSYGGITDMPVKNGGNSGVHPQNVVGSYYSNAGNYQRSLSESQSGVVMNDLAMNAGSVEVARGSQSTSKLDDLDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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