当前解析结果
SmilChr01G003172| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003172 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003172 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50522332 - 50527980 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990572 |
|---|---|
| GeneID | 130990572 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990572 |
| 原始查询 | LOC130990572 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase 5-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase 5-like |
| Arabidopsis | AT1G53920 (GLIP5)GDSL-motif lipase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841830] identity=58.7; qcov=0.897; evalue=4.67e-133; confidence=high |
| Rice | Os09g0132900 (OsGELP98)- identity=37.4; qcov=0.894; evalue=6.43e-60; confidence=medium |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990572 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057770776.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057770776.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770776.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770776.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770776.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50522651 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,A8,B79,D1 |
Chr1:50522652 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr1:50522858 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B25,B77,B88 |
Chr1:50522960 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B132,B25,B98 |
Chr1:50524240 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B106,B73 |
Chr1:50524272 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 34 | A1,A14,A16,B1,B115,B125,B140,B25,B34,B37,B51,B59,B74,B82,B88,B89,B90,B92,B97,B99,C12,C15,C24,C25,C29,C30,C32,C38,C5,C50,C57,C68,D3,D8 |
Chr1:50524274 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 34 | A1,A14,A16,B1,B115,B125,B140,B25,B34,B37,B51,B59,B74,B82,B88,B89,B90,B92,B97,B99,C12,C15,C24,C25,C29,C30,C32,C38,C5,C50,C57,C68,D3,D8 |
Chr1:50527148 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,A8,B2,B79,D1 |
Chr1:50527164 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B73 |
Chr1:50527639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B84 |
Chr1:50527639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr1:50527713 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B14,C26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770776.1PF00657
Lipase_GDSL 27-340 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770776.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 27 | 340 | 3.6e-34 | 119.5 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。