当前解析结果
SmilChr06G001570| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001570 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001570 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001570 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 17154056 - 17155223 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990585 |
|---|---|
| GeneID | 130990585 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990585 |
| 原始查询 | LOC130990585 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01107 (MP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990585 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057770790.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057770790.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057770790.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770790.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770790.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:17154059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr6:17154073 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,B78,C22 |
Chr6:17154077 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B42,B43,C59 |
Chr6:17154077 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B42,B43,C59 |
Chr6:17154107 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B30,C22,C29,C6,C64,C66,C74 |
Chr6:17154118 |
TCA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C49 |
Chr6:17154118 |
TCA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr6:17154122 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr6:17154132 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 24 | A11,A15,B109,B118,B119,B136,B139,B26,B27,B45,B47,B83,B92,C12,C20,C23,C27,C54,C65,C68,C9,D4,D6,D8 |
Chr6:17154142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr6:17154152 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | A16,A23,A7,B105,B114,B131,B137,B138,B34,B35,B45,B46,B73,B81,B9,C11,C31,C69 |
Chr6:17154202 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B2,C53,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770790.1PF01107
MP 72-232 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770790.1 |
Pfam | PF01107 |
MP | Family | 72 | 232 | 7.3e-28 | 98.2 | Viral movement protein (MP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。