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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001581

染色体: Chr06 坐标: 17241977-17243067 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001581
名称SmilChr06G001581
描述uncharacterized SmilChr06G001581
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向17241977 - 17243067 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990587
GeneID130990587
locus_tag-
NCBI NameLOC130990587
原始查询LOC130990587

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990587

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770792.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770792.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770792.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770792.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770792.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:17242621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B84,C46,C83
Chr6:17242636 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A23,A24,B102,B119,B136,B24,B26,B33,B36,B4,B72,B74,B81,C13,C37,C40,C42,C84,D10,D11
Chr6:17242667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B64,B73,C84,D9
Chr6:17242677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B73,C78,C84,D9
Chr6:17242784 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B17,D7
Chr6:17242784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,D7
Chr6:17242818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B40,B42,B54,C54,C69
Chr6:17242824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B54
Chr6:17242845 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 47 A13,A19,A3,A4,A7,A9,B1,B103,B104,B105,B113,B119,B12,B121,B122,B138,B36,B42,B43,B46,B48,B5,B59,B62,B66,B69,B78,B84,B88,B89,B91,B96,C16,C17,C22,C34,C40,C53,C56,C59,C72,C74,C76,C81,C87,C9,D5
Chr6:17242848 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 48 A13,A19,A3,A4,A7,A9,B1,B103,B104,B105,B113,B119,B12,B121,B122,B138,B36,B42,B43,B46,B48,B5,B59,B62,B66,B69,B78,B84,B88,B89,B90,B91,B96,C16,C17,C22,C34,C40,C53,C56,C59,C72,C74,C76,C81,C87,C9,D5
Chr6:17242860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B46
Chr6:17242861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914809.1
GAACTAGTAATTACCAAGTAATAGATGAGGATAATGGGTCATACAATAACTTCGAAAGGATGGTGCATGATCATGCTGGACTTAGTAATTACCAAGATCTTCCAAATCTGGAGGAGCCGCCCAATCCTGACACTCAACAGATTTATGGCATGTTGAACGCAGCCGATAATCCATTGTACCCATCCTGTGACACTTACTCACAGTTATCCTGGATGACTCAATTTATGATCATAAAGGCTGAAAACCACATGTCAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990587
ATGGGGTTATGCGCCACCCGGCAGACTCTCCGACATGGAAACACTTGGAGGTTGACTCCGCCAACGGTGAAGGAGTCGTACTTTCAGGAATTAAAGAAAGAGTTTACTTGGTCGCCTGAGGACGAGCCTGAGGTAAGGGCGATGTGGGAGCACAAAGCCAGCAAGAGGTACAGTGACATGATGAGCGACTACAAGAGAAAGCTCAGGGCTAGTATCGACGCAGGGCGGGAAATGGATAGACCCCTCTGGATGTCTGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770792.1
MGLCATRQTLRHGNTWRLTPPTVKESYFQELKKEFTWSPEDEPEVRAMWEHKASKRYSDMMSDYKRKLRASIDAGREMDRPLWMSAEFWTGLQAYWDQEPIQAVSQRARANRMFEPDGPGTGISRHVGGS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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