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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001592

染色体: Chr06 坐标: 17592979-17593962 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001592
名称SmilChr06G001592
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向17592979 - 17593962 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990589
GeneID130990589
locus_tag-
NCBI NameLOC130990589
原始查询LOC130990589

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=27.3; qcov=0.841; evalue=2.9e-11; confidence=low
RiceOs06g0635500
-
identity=25.9; qcov=0.838; evalue=4.76e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770794.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770794.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770794.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770794.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770794.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:17593211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B74,B94,C75
Chr6:17593226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr6:17593443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B91,C32,C9
Chr6:17593455 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A1,B110,B36,B88
Chr6:17593455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B110,B36,B88
Chr6:17593461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr6:17593487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C15,C40
Chr6:17593488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B137,B48,B60,B96
Chr6:17593497 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A1,A23,A9,B119,B23,B36,B49,B55,B59,B81,B88,C11,C19,C75
Chr6:17593499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B53,B89,B99,C83
Chr6:17593500 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B69,B70
Chr6:17593500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914811.1
ATGGATGGAGACAATAATTCTTTCTTCAACTCTCAAAATTTCAATCCCTCCCAAGACTATTACCCAAATCTTGCTGATATTCCAAGCTCCAATGAATTCCCAGAGTTTGATTATGCTATGAATTCAGAATTCTCGCATAATCCAACTGATTCTCCTATTTCTGAATATCACCAAACCTCTGAAAATTTTTCTGCAAACCCTTCCAACAATGCGCAAAGTTGGACTGATATAGAAGATATATCACTAATGTCTGCTTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990589
ATGGATGGAGACAATAATTCTTTCTTCAACTCTCAAAATTTCAATCCCTCCCAAGACTATTACCCAAATCTTGCTGATATTCCAAGCTCCAATGAATTCCCAGAGTTTGATTATGCTATGAATTCAGAATTCTCGCATAATCCAACTGATTCTCCTATTTCTGAATATCACCAAACCTCTGAAAATTTTTCTGCAAACCCTTCCAACAATGCGCAAAGTTGGACTGATATAGAAGATATATCACTAATGTCTGCTTGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770794.1
MDGDNNSFFNSQNFNPSQDYYPNLADIPSSNEFPEFDYAMNSEFSHNPTDSPISEYHQTSENFSANPSNNAQSWTDIEDISLMSAWCFVSNNPIVGTNRNSKSFWKTVADMYEQSRADNPEIGGRRSIESLRNRYKRLNKNVTLWVAAYKKAYERRASGQSKEDIEIAAQAIYGKPKFTHHDVFEKVMSIYPNWELKLDSTGYVRRSHPDDEDSVDESRSSSKKSRTDEDVDPPTDSTPETPGSDASKFHRPIGRDKAKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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