当前解析结果
SmilChr06G001697| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001697 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001697 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001697 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 19454511 - 19456757 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990618 |
|---|---|
| GeneID | 130990618 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990618 |
| 原始查询 | LOC130990618 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=32.9; qcov=0.858; evalue=4.87e-94; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990618 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770821.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057770821.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057770821.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770821.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770821.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:19454520 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B108,C62 |
Chr6:19454522 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A21,B25,B41,C26,C31,C32,C68,C80,D9 |
Chr6:19454529 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr6:19454554 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr6:19454578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B17 |
Chr6:19454594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr6:19454601 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B12,B127,B99,C72 |
Chr6:19454610 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C27,C82 |
Chr6:19454611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr6:19454636 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B108,C44,C62 |
Chr6:19454638 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B57 |
Chr6:19454735 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770821.1PF03732
PEG10_N-capsid 119-193 aa
PF19259
Ty3_capsid 141-277 aa
PF13650
Asp_protease_2 406-492 aa
PF13975
gag-asp_proteas 406-494 aa
PF08284
RVP_2 408-497 aa
PF00078
RVT_1 647-747 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770821.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 119 | 193 | 4.5e-10 | 40.4 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057770821.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 141 | 277 | 3e-17 | 63.4 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057770821.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 406 | 492 | 1.1e-09 | 39.6 | Aspartyl protease |
XP_057770821.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 406 | 494 | 2.1e-09 | 38.6 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057770821.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 408 | 497 | 1.2e-08 | 35.6 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057770821.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 647 | 747 | 4.2e-21 | 76.5 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。