Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001818`

染色体: Chr06 坐标: 21346371-21346703 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001818`
名称	SmilChr06G001818
描述	uncharacterized SmilChr06G001818
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	21346371 - 21346703 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990636`
GeneID	`130990636`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990636`
原始查询	`LOC130990636`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770843.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057770843.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770843.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770843.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770843.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:21346392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr6:21346401`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B89,D10
`Chr6:21346406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,B97
`Chr6:21346437`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B132,B55,C1
`Chr6:21346438`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr6:21346445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr6:21346453`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B132,C72,D8
`Chr6:21346459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr6:21346462`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr6:21346470`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B129,C15
`Chr6:21346489`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B129,C15
`Chr6:21346537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770843.1

110 aa

110

DUF8803

PF31073 DUF8803 34-94 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770843.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	34	94	6.3e-10	39.5	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914860.1
ATGGAATTGGATGAGTGGAGTAATGAAGCTTATGAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGAGCCAAGAAGTTCCATGATTTGAGCATCCGCACAAAGACATTCAAGCCGGGACATGTGGTACTCTTATATGATTCTAAGCTTTGGTTATTTCCTGGCAAGCTGCAGTCTAAATGGAGAGGTCCATATGTGGTTCACAAGAGCAATCGGAATGGGACTTACGAGTTGCTTGCATCGAATGGTTCCACTTTTACTGTTAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990636
ATGGAATTGGATGAGTGGAGTAATGAAGCTTATGAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGAGCCAAGAAGTTCCATGATTTGAGCATCCGCACAAAGACATTCAAGCCGGGACATGTGGTACTCTTATATGATTCTAAGCTTTGGTTATTTCCTGGCAAGCTGCAGTCTAAATGGAGAGGTCCATATGTGGTTCACAAGAGCAATCGGAATGGGACTTACGAGTTGCTTGCATCGAATGGTTCCACTTTTACTGTTAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770843.1
MELDEWSNEAYESSRIYKERAKKFHDLSIRTKTFKPGHVVLLYDSKLWLFPGKLQSKWRGPYVVHKSNRNGTYELLASNGSTFTVNGHRLKPYFKAELDRDVEVVNFVDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器