Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001918`

染色体: Chr06 坐标: 23180279-23191522 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001918`
名称	SmilChr06G001918
描述	uncharacterized SmilChr06G001918
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	23180279 - 23191522 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990656`
GeneID	`130990656`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990656`
原始查询	`LOC130990656`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=25.5; qcov=0.677; evalue=4.2e-57; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=33; qcov=0.788; evalue=1.16e-103; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF26130 (PB1-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990656

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770866.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770866.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770866.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770866.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057770866.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:23188928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,C5,C80,C82
`Chr6:23188932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,B24
`Chr6:23188967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B63,C16,C62
`Chr6:23188969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,C45,C53
`Chr6:23188974`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B12,C33,C5
`Chr6:23188974`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B12,C33,C5
`Chr6:23188976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr6:23188979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr6:23188987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:23188999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:23189000`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,B9,C5
`Chr6:23189042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770866.1

857 aa

428

857

PB1-like

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF26130 PB1-like 6-104 aa PF10551 MULE 449-544 aa PF00872 Transposase_mut 466-598 aa PF04434 SWIM 687-725 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770866.1`	Pfam	`PF26130`	PB1-like	Domain	6	104	1.1e-10	42.4	PB1-like domain
`XP_057770866.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	449	544	8.3e-17	62.1	MULE transposase domain
`XP_057770866.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	466	598	3.6e-06	26.8	Transposase, Mutator family
`XP_057770866.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	687	725	1e-05	25.7	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914883.1
ATGGCAAATAGCAGCACCTTCGACCTATTGCTCTACTATGGAGGTCAATTTGAAGAAATCAATGGCGGTAAGGATGGAATCGATTGCTACGTGGGAGGTTTTGCAGTTGGGAGGTATGGCTTAGACTTAGATTTATTCGGCTATTTTGACCTCAAGGATGAAGTAGATAAGCTAGGTATAAAAAACTGGAATGGCTTGTGGTATGTGAAACTAAAAAATAGTACCCGGGAAGAGATTGTAGATGATAAAGGAGTCATGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990656
ATGGCAAATAGCAGCACCTTCGACCTATTGCTCTACTATGGAGGTCAATTTGAAGAAATCAATGGCGGTAAGGATGGAATCGATTGCTACGTGGGAGGTTTTGCAGTTGGGAGGTATGGCTTAGACTTAGATTTATTCGGCTATTTTGACCTCAAGGATGAAGTAGATAAGCTAGGTATAAAAAACTGGAATGGCTTGTGGTATGTGAAACTAAAAAATAGTACCCGGGAAGAGATTGTAGATGATAAAGGAGTCATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770866.1
MANSSTFDLLLYYGGQFEEINGGKDGIDCYVGGFAVGRYGLDLDLFGYFDLKDEVDKLGIKNWNGLWYVKLKNSTREEIVDDKGVMSMLSDVSDDYRHVDVFIEGGDISGVSAANREFENVTRECEGRDPDEILIDNYNGEESEGGEDDDYDPVESEGGGDTEVSLGDTNSGDDELNESRKKLKESRKKIREKDPVFSHIDDPEQNFNELEVSGNISEYEESDGYVNTDESEGDAETSKLKSKIKVYDPTCDHKTLEFQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器