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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001921

染色体: Chr06 坐标: 23204970-23211413 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001921
名称SmilChr06G001921
描述ABC transporter B family member 26, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向23204970 - 23211413 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990657
GeneID130990657
locus_tag-
NCBI NameLOC130990657
原始查询LOC130990657

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter B family member 26, chloroplastic-like
产物ABC transporter B family member 26%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G70610 (ABCB26)
transporter associated with antigen processing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843398]
identity=49.8; qcov=0.891; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0911300 (OsABCB24)
-
identity=56.3; qcov=0.465; evalue=2e-126; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770867.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057770867.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770867.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770867.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770867.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770867.1
680 aa
N
1
340
680
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 213-409 aa PF00005 ABC_tran 472-621 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770867.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 213 409 5.7e-33 115.5 ABC transporter transmembrane region
XP_057770867.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 472 621 9.9e-33 114.4 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914884.1
ATGGCCGCGCTTCAGACGGCATTCCATCTCCATACCTACTTCAACGCTCGGGATACTAACTCGATTCCGATATTTACCTCCAAAACGAGTCTAAGATTCTGCAATTCAACCTTAGTTCAAAACCTACCCCGAAATCCAAATTCAGCCTACGCAGTTAGACCACGCGTGCCTGTTTGGCACGCAGTGAAGCACGATCGAGAAAATTGTTTGGAGGAAAGGAATAAAAATGCACCACACATAATCGTGAGATGGTTTGAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990657
ATGGCCGCGCTTCAGACGGCATTCCATCTCCATACCTACTTCAACGCTCGGGATACTAACTCGATTCCGATATTTACCTCCAAAACGAGTCTAAGATTCTGCAATTCAACCTTAGTTCAAAACCTACCCCGAAATCCAAATTCAGCCTACGCAGTTAGACCACGCGTGCCTGTTTGGCACGCAGTGAAGCACGATCGAGAAAATTGTTTGGAGGAAAGGAATAAAAATGCACCACACATAATCGTGAGATGGTTTGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770867.1
MAALQTAFHLHTYFNARDTNSIPIFTSKTSLRFCNSTLVQNLPRNPNSAYAVRPRVPVWHAVKHDRENCLEERNKNAPHIIVRWFELVRDVFPGGCWWNLTDFEQNVDGLPIAAESITVSQALREMWALVADEKWILYTAFGALIIAAMVSNLSLLQFDAFIGESVFVHVDFVILIVALLNASVAEIKNRGLRDIIARNTSSISLFSSKWNMQVKRLRQAVFKSLLLQDVSFFDTEAVGDLTSRISTDCQRLSQTVGNDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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