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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000829

染色体: Chr01 坐标: 17840038-17840523 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000829
名称SmilChr01G000829
描述gamma-hordein-3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17840038 - 17840523 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990676
GeneID130990676
locus_tag-
NCBI NameLOC130990676
原始查询LOC130990676

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述gamma-hordein-3-like
产物gamma-hordein-3-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770905.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770905.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057770905.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770905.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770905.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:17840042 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B53,B71,C44,C67,C7
Chr1:17840042 GC G 1bp_deletion CDS_variant 5 B53,B71,C44,C67,C7
Chr1:17840070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C36,C9
Chr1:17840071 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A14,B34,B78,C16
Chr1:17840071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B34,B78,C16
Chr1:17840077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B62,C18
Chr1:17840088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B131,B83,C59,C78
Chr1:17840098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B102,C24,C35,C82
Chr1:17840109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:17840118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:17840122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr1:17840124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914922.1
ATGGGCAAGATGGAAACTCCTTCCGTCCCGGTGCAGAATGGCGAACCTTGCGGAATATATGGAGATTTCAGCCATGCAGTCAATGAGTGCCACAGAATGGGCGAGTTTACTCCGGAGGGTAAAGCTGAAGTCTATGCTGCACAAGGATTTCAGAGCTATAATCAAATGCAGAGCAGACCTGGCTTCGTGCAAAACTACAATCAAGGACAGAGCTATAATCAAGGACAGAGCTATAATCAAGGGCAGAGCAGACCACAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990676
ATGGGCAAGATGGAAACTCCTTCCGTCCCGGTGCAGAATGGCGAACCTTGCGGAATATATGGAGATTTCAGCCATGCAGTCAATGAGTGCCACAGAATGGGCGAGTTTACTCCGGAGGGTAAAGCTGAAGTCTATGCTGCACAAGGATTTCAGAGCTATAATCAAATGCAGAGCAGACCTGGCTTCGTGCAAAACTACAATCAAGGACAGAGCTATAATCAAGGACAGAGCTATAATCAAGGGCAGAGCAGACCACAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770905.1
MGKMETPSVPVQNGEPCGIYGDFSHAVNECHRMGEFTPEGKAEVYAAQGFQSYNQMQSRPGFVQNYNQGQSYNQGQSYNQGQSRPQFGQHYNQGQSRPQNYNQGQNVNNGWRGQQPCPPQQNFPQQYPPRYQQQGNFQPSQQHAQPQKSSLEDNFASFHGD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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