当前解析结果
SmilChr06G001992| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001992 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001992 |
| 描述 | glutathione S-transferase T3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 25336064 - 25337047 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990678 |
|---|---|
| GeneID | 130990678 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990678 |
| 原始查询 | LOC130990678 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase T3-like |
| 产物 | glutathione S-transferase T3-like |
| Arabidopsis | AT3G47680 (AT3G47680)DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=26.7; qcov=0.835; evalue=9.9e-10; confidence=low |
| Rice | Os11g0282700- identity=28.2; qcov=0.596; evalue=2.54e-10; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990678 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770884.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770884.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770884.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770884.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057770884.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:25336078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr6:25336081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,C73 |
Chr6:25336096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B21,C84 |
Chr6:25336105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr6:25336109 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,C2,C84 |
Chr6:25336111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,C84 |
Chr6:25336124 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,C84 |
Chr6:25336127 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 48 | A16,A21,A3,A9,B101,B103,B106,B111,B112,B122,B123,B133,B134,B136,B14,B15,B33,B35,B5,B51,B55,B59,B61,B67,B76,B78,B79,B86,B87,B9,C27,C29,C39,C4,C41,C45,C47,C5,C56,C61,C68,C7,C73,C8,C82,C83,D1,D9 |
Chr6:25336142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B16,B47,B99,C50 |
Chr6:25336143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B35,B39,B5,C63,D3 |
Chr6:25336151 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B16 |
Chr6:25336158 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,C57 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。