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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001997`

染色体: Chr06 坐标: 25466004-25468718 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001997`
名称	SmilChr06G001997
描述	uncharacterized SmilChr06G001997
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	25466004 - 25468718 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990679`
GeneID	`130990679`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990679`
原始查询	`LOC130990679`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=26; qcov=0.166; evalue=5.05e-11; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=31.4; qcov=0.419; evalue=1.56e-61; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770885.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057770885.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770885.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770885.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770885.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:25466011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B127,B138,B37,C40
`Chr6:25466021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B26,C42
`Chr6:25466025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,C24,C27
`Chr6:25466030`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	46	A10,A11,A18,A24,A5,B10,B100,B103,B104,B107,B108,B119,B121,B126,B133,B134,B139,B16,B18,B27,B29,B30,B35,B40,B48,B55,B62,B74,B75,B85,B98,C11,C12,C17,C2,C22,C24,C25,C3,C30,C43,C51,C56,C69,C84,D1
`Chr6:25466045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,A21,B26,C42
`Chr6:25466048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B26,C42
`Chr6:25466049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	83	A2,A20,A24,A3,A4,A6,B100,B102,B106,B108,B109,B11,B113,B114,B121,B13,B132,B133,B134,B138,B140,B19,B20,B28,B30,B31,B32,B34,B36,B39,B45,B47,B52,B53,B64,B66,B71,B73,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B87,B9,B95,B96,B97,C1,C10,C2,C23,C26,C27,C28,C32,C33,C34,C35,C4,C41,C5,C50,C53,C56,C58,C6,C64,C67,C7,C71,C72,C77,C79,C81,D10,D3,D4,D7,D9
`Chr6:25466050`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	83	A1,A14,A16,A19,A22,A4,A5,A6,A8,B107,B110,B111,B117,B119,B126,B128,B134,B135,B137,B19,B21,B24,B25,B35,B36,B38,B40,B46,B50,B53,B54,B60,B61,B62,B67,B68,B71,B74,B81,B83,B85,B86,B88,B89,B91,B93,B97,C1,C12,C16,C17,C19,C22,C23,C24,C25,C27,C3,C38,C40,C43,C47,C48,C5,C50,C53,C58,C66,C68,C69,C7,C71,C76,C78,C8,C82,C85,C87,C9,D10,D3,D5,D6
`Chr6:25466067`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C31
`Chr6:25466067`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C31
`Chr6:25466073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B52
`Chr6:25466078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B18,B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770885.1

904 aa

452

904

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

PF00078 RVT_1 142-301 aa PF17919 RT_RNaseH_2 364-462 aa PF17917 RT_RNaseH 391-491 aa PF13456 RVT_3 546-645 aa PF17921 Integrase_H2C2 734-785 aa PF00665 rve 801-883 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770885.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	142	301	1.1e-32	114.3	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057770885.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	364	462	5.5e-21	75.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057770885.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	391	491	4.3e-14	53.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057770885.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	546	645	6.1e-13	49.5	Reverse transcriptase-like
`XP_057770885.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	734	785	6.3e-13	49.4	Integrase zinc binding domain
`XP_057770885.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	801	883	4.1e-13	50.2	Integrase core domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914902.1
ATGGTTACGGCTTCAGAGCCCGAGCGGAAAGAGATCGCAGAGCTGCAGGGGGGAAATGATAAGATCCCCCTCGTCACCACCACTGATACGTGCATGGTTATTGAGCTTTTCACGGATAAAGAAGGATTCACTACCAAAATCGGGGCACATATGGAACCAGAGCTGCAAAGAAAGGTAATAGCCTGCCTGCGCAGAAACGCTGATGTATTCGCATTCAGCACAGCTGACCTGAAGGGAATTGACAGAGAACTAGCCGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990679
ATGGTTACGGCTTCAGAGCCCGAGCGGAAAGAGATCGCAGAGCTGCAGGGGGGAAATGATAAGATCCCCCTCGTCACCACCACTGATACGTGCATGGTTATTGAGCTTTTCACGGATAAAGAAGGATTCACTACCAAAATCGGGGCACATATGGAACCAGAGCTGCAAAGAAAGGTAATAGCCTGCCTGCGCAGAAACGCTGATGTATTCGCATTCAGCACAGCTGACCTGAAGGGAATTGACAGAGAACTAGCCGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770885.1
MVTASEPERKEIAELQGGNDKIPLVTTTDTCMVIELFTDKEGFTTKIGAHMEPELQRKVIACLRRNADVFAFSTADLKGIDRELAEHRLNVDPTIKPVKQKTRHFGAEKDAAIREQVQALLEAGHIVEVQYPEWVSNAVMVEKKAKTWRMCVDYRDLNAACPKDCYPLPRIDQLVDATSGCELLSMMDAYQGYHQVQMYKSDVIKTAFAVCAGIFAYVSMPFGLKNAGATYQRMMDRIFKDQLKENVSIYVDDMLVRSAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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