当前解析结果
SmilChr06G002076| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002076 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002076 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002076 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 27385234 - 27385803 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990706 |
|---|---|
| GeneID | 130990706 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990706 |
| 原始查询 | LOC130990706 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990706 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057770917.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057770917.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057770917.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057770917.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770917.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:27385246 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D10 |
Chr6:27385246 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:27385315 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B50 |
Chr6:27385319 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr6:27385320 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,C20,C37 |
Chr6:27385333 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B111,B35,B57,C1 |
Chr6:27385339 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 16 | B102,B119,B126,B129,B133,B136,B137,B75,C21,C30,C35,C36,C39,C46,C57,C87 |
Chr6:27385346 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C56,C65 |
Chr6:27385368 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B129,B95,C28,C69 |
Chr6:27385375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B29,C44,C48,C9,D4 |
Chr6:27385378 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B76,B95,C39 |
Chr6:27385380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B42,B43,B90,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770917.1PF31073
DUF8803 138-171 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770917.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 138 | 171 | 1.1e-09 | 38.7 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。