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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002085

染色体: Chr06 坐标: 27480763-27481551 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002085
名称SmilChr06G002085
描述uncharacterized SmilChr06G002085
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27480763 - 27481551 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990710
GeneID130990710
locus_tag-
NCBI NameLOC130990710
原始查询LOC130990710

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=26.1; qcov=0.981; evalue=3.65e-22; confidence=low
RiceOs09g0268800
-
identity=27.7; qcov=0.385; evalue=2.23e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990710

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770922.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770922.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057770922.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770922.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27480806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B40,B76,B9,C38
Chr6:27480808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B57,B75
Chr6:27480812 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 95 A1,A13,A16,A18,A20,A23,A8,A9,B100,B102,B103,B105,B109,B117,B119,B121,B122,B123,B127,B128,B129,B131,B133,B137,B18,B21,B31,B35,B36,B4,B49,B5,B51,B54,B55,B56,B59,B6,B62,B68,B71,B73,B74,B76,B79,B81,B85,B87,B88,B9,B90,B92,B94,B96,B99,C1,C11,C13,C18,C21,C22,C23,C26,C28,C29,C30,C33,C34,C37,C40,C42,C47,C50,C54,C58,C60,C61,C65,C67,C69,C7,C74,C75,C76,C78,C81,C83,C84,C85,C86,C9,D11,D2,D5,D8
Chr6:27480824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr6:27480825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:27480862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:27480875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B57,B75
Chr6:27480878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:27480888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,D10,D3
Chr6:27480901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B57,B75
Chr6:27480913 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr6:27480913 GGT G 2bp_deletion CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914939.1
ATGGAGTTGAAGTCGGAGCTTCAACAGATTTGGGGTATAAATTCAGACTGGCAACTGATTCCGTTGGGAAAGGGATTTTACACGCTCTATTTTACTACGGCGACCAATAAAGCTACATCCAAGAAGAAGGTGATCTGGGAACTTTCAAAGGGTCTTCTTCGGCTCTGGGAGTGGGCTCGCAACTTTGATCCGTTCAAGGAAAACTCACCCTTGGGTAATGTTTGGGTTCGAATTCATTATCTTCCTATCGAGTACTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990710
ATGGAGTTGAAGTCGGAGCTTCAACAGATTTGGGGTATAAATTCAGACTGGCAACTGATTCCGTTGGGAAAGGGATTTTACACGCTCTATTTTACTACGGCGACCAATAAAGCTACATCCAAGAAGAAGGTGATCTGGGAACTTTCAAAGGGTCTTCTTCGGCTCTGGGAGTGGGCTCGCAACTTTGATCCGTTCAAGGAAAACTCACCCTTGGGTAATGTTTGGGTTCGAATTCATTATCTTCCTATCGAGTACTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770922.1
MELKSELQQIWGINSDWQLIPLGKGFYTLYFTTATNKATSKKKVIWELSKGLLRLWEWARNFDPFKENSPLGNVWVRIHYLPIEYWNSQVISGIGRYLGHPLKIDGASAGRDFGQFARILVEIDMSLPLLNTLLIDMEDFSFQIEFVFENLPLYCGRCKITGHSPDRCRKSKFGGMGEQNDTVNDKGKITQVHNGPHWQAAINSNEQAANINVQQQLAWKPAQPEFGQQQAAPLTKQQLREIDSMYLLLMNRFCCMGRMW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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