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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003189

染色体: Chr01 坐标: 50638009-50639330 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003189
名称SmilChr01G003189
描述uncharacterized SmilChr01G003189
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50638009 - 50639330 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990713
GeneID130990713
locus_tag-
NCBI NameLOC130990713
原始查询LOC130990713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990713

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057770925.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057770925.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770925.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770925.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770925.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50638311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B30,B77,B90,B92
Chr1:50638406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B140,B93
Chr1:50638609 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B100,B129,B28
Chr1:50638609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B129,B28
Chr1:50638619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,C33,C42,C71
Chr1:50638625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:50638632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:50638637 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 89 A11,A14,A19,A2,A24,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B104,B106,B108,B114,B119,B121,B122,B123,B126,B13,B135,B137,B139,B14,B140,B16,B18,B19,B2,B22,B32,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B51,B52,B54,B55,B65,B68,B69,B70,B73,B76,B78,B79,B8,B80,B82,B87,B94,B97,B99,C14,C15,C16,C17,C23,C24,C25,C26,C28,C30,C39,C42,C44,C5,C50,C57,C6,C63,C67,C70,C74,C8,C80,C82,C83,C85,C9,D9
Chr1:50638672 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 13 B110,B134,B15,B19,B4,B49,B61,B87,B95,C53,C70,C76,C77
Chr1:50638715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B25,B98,C54
Chr1:50638724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C65
Chr1:50638730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B121,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914942.1
GAAAAAATTGTTCCAGGTTGGTTTATGTTTCATTTGTTTAAATTTTGAGGAGTTGCTGAGATATCATTATTTTGATTTTGGAGGGAAACATAACTATTTATTTGTGATCATTTTCATTTAATATTGAGATTGTCATTATTTATTTCTGGACGGAAAAGTGTCTTTGTTTAATCATCATTATCATTTAATTTAGGGTTAATGACATGTAAATTACTAAACTATAGCCAAATTCTGGTCTGTGTACCGAATTTCAAAGTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990713
ATGGGCAAGTCGTCGAACTGGAACAGTGAAACTGGAGAGTCATTCTCCAGCTCGGGGTCGTCGGACCTAGGGTATAACCCACCCAACAACGCGCATTTGTGTAATTGGGCTCCTCGTCCAAAGCTCTGCAAACATGGCTTTGCGTCCTTGCGGACTTCGCACACTTCCGTAAACCCTTTTCGCCGCTTCTACTGCTGCAGCCTTCGAGGGTCCAGAGAAGCATGTGGGCTTTGGGAATGGTTTGATCCGGAGTTGAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770925.1
MGKSSNWNSETGESFSSSGSSDLGYNPPNNAHLCNWAPRPKLCKHGFASLRTSHTSVNPFRRFYCCSLRGSREACGLWEWFDPELNDYYKEQILKLRLQSISAEEERDQATMNAALSRERMDTRERESHSVVVELDLLKAKNDVLEGTVCKDSDDEMVYLCGGCLVCYAVALEVM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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