当前解析结果
SmilChr06G002094| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002094 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002094 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002094 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 27862462 - 27864332 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990714 |
|---|---|
| GeneID | 130990714 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990714 |
| 原始查询 | LOC130990714 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0202300- identity=28.8; qcov=0.908; evalue=1.25e-39; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990714 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057770926.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057770926.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770926.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770926.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770926.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:27862497 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B90 |
Chr6:27862509 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr6:27862512 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B77,C38,C42 |
Chr6:27862533 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 26 | A25,B109,B121,B122,B132,B136,B137,B18,B20,B3,B38,B54,B73,B76,B86,B91,B95,C1,C21,C28,C37,C47,C51,C58,C63,C86 |
Chr6:27862546 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 51 | A4,B101,B123,B129,B132,B134,B136,B137,B18,B20,B3,B32,B33,B35,B38,B49,B54,B57,B60,B72,B73,B76,B80,B86,B91,B92,B97,C1,C19,C21,C28,C29,C37,C4,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C58,C6,C63,C71,C76,C78,C84,C86,D2,D6,D7 |
Chr6:27862559 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C36,C82 |
Chr6:27862566 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C36,C82 |
Chr6:27862568 |
GGC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | B113,B115,B119,B66,B77,B83,B90,C21,C42,C67,C72 |
Chr6:27862754 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B6,C22 |
Chr6:27862768 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,D1 |
Chr6:27862779 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C82 |
Chr6:27862779 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770926.1PF00078
RVT_1 3-162 aa
PF17917
RT_RNaseH 168-231 aa
PF13456
RVT_3 267-385 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770926.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 3 | 162 | 9e-33 | 114.6 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057770926.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 168 | 231 | 5.2e-09 | 36.9 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057770926.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 267 | 385 | 3.4e-15 | 56.8 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。