当前解析结果
SmilChr06G002095| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002095 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002095 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002095 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 27864348 - 27866497 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990715 |
|---|---|
| GeneID | 130990715 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990715 |
| 原始查询 | LOC130990715 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0439900- identity=27.1; qcov=0.411; evalue=2.44e-23; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990715 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770927.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057770927.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057770927.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770927.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770927.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:27864354 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C77 |
Chr6:27864355 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr6:27864378 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B61,C47 |
Chr6:27864408 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr6:27864430 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr6:27864437 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 15 | B103,B106,B133,B25,B50,B55,B71,B75,B86,C11,C3,C49,C69,C73,C9 |
Chr6:27864441 |
T |
TGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 15 | B103,B106,B13,B133,B25,B55,B71,B75,B86,C11,C3,C49,C69,C73,C9 |
Chr6:27864443 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C60 |
Chr6:27864443 |
TCG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr6:27864444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr6:27864447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr6:27864452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 148 | A10,A13,A14,A16,A20,A23,A3,A5,A9,B1,B10,B101,B104,B106,B107,B108,B110,B111,B114,B119,B12,B120,B123,B125,B126,B128,B130,B131,B133,B135,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B44,B45,B47,B48,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B75,B76,B78,B81,B82,B83,B84,B86,B89,B9,B91,B95,B96,B97,C10,C12,C13,C15,C18,C19,C2,C20,C25,C27,C28,C29,C31,C32,C35,C38,C39,C4,C43,C46,C47,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C83,D10,D11,D3,D4,D7,D9 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。