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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002148

染色体: Chr06 坐标: 29196834-29199584 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002148
名称SmilChr06G002148
描述uncharacterized SmilChr06G002148
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向29196834 - 29199584 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990731
GeneID130990731
locus_tag-
NCBI NameLOC130990731
原始查询LOC130990731

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990731

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770943.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057770943.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770943.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770943.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770943.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:29196939 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 8 A10,A20,B128,B35,B79,B88,C35,C4
Chr6:29196947 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 C33,D7
Chr6:29196947 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 C33,D7
Chr6:29196972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr6:29196985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,D7
Chr6:29196989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr6:29196997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C36,C82
Chr6:29197011 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 25 A21,A7,B10,B108,B11,B13,B138,B32,B4,B42,B43,B47,B51,B58,B60,B75,C13,C45,C5,C72,C75,C76,C83,D10,D7
Chr6:29197030 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B125,B82,B90,B92,C39,D3
Chr6:29197046 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 C32,C68
Chr6:29197046 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 2 C32,C68
Chr6:29197053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914960.1
ATGGCATTAAATCTTTGTTTGACTTTTCGTATGTCACAGAGTCTGTTCCGATCTTCACGCGGTGGATATGGAAAGATTTTCTATTCCATCTGGGTTATTTCGGAGCCTGTGGGAACGCGATGCAGGGACAAGGGCCTTCTCAAGAAAACAAATTATAACTTGTCTCCGTTTATCGAGAGGAGTGTGAATACAACAAAACGACTGAATAAGAAAGAGAAGGCTCTCGCCCTTTTCGGTTTCTATAACCCTGCAGTGGATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990731
ATGGCATTAAATCTTTGTTTGACTTTTCGTATGTCACAGAGTCTGTTCCGATCTTCACGCGGTGGATATGGAAAGATTTTCTATTCCATCTGGGTTATTTCGGAGCCTGTGGGAACGCGATGCAGGGACAAGGGCCTTCTCAAGAAAACAAATTATAACTTGTCTCCGTTTATCGAGAGGAGTGTGAATACAACAAAACGACTGAATAAGAAAGAGAAGGCTCTCGCCCTTTTCGGTTTCTATAACCCTGCAGTGGATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770943.1
MALNLCLTFRMSQSLFRSSRGGYGKIFYSIWVISEPVGTRCRDKGLLKKTNYNLSPFIERSVNTTKRLNKKEKALALFGFYNPAVDNLEVMFRYGNKMLQRMHIATLCRDNVVGPEVINAWGMYLNSNEEFKADTLPTRFFASVEICSESILQPPSSWTFKRRRDIFVRLLSDELTTPQLLFVTTIDLFFFPVFRVMNFFLVCVDLKKEKVYVLDSRNEAQVHCRTEKYMSAVDDVKQMLGDYFGSMGHVHKSTIVKRAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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