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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002197

染色体: Chr06 坐标: 30520143-30520736 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002197
名称SmilChr06G002197
描述uncharacterized SmilChr06G002197
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向30520143 - 30520736 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990748
GeneID130990748
locus_tag-
NCBI NameLOC130990748
原始查询LOC130990748

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0315200
-
identity=32.5; qcov=0.858; evalue=9.05e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990748

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770959.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770959.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770959.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770959.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770959.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:30520148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr6:30520160 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A10,A11,A18,A21,A24,A7,B102,B20,B35,B46,B53,B66,B94,C10,C33,C42,C58,C87
Chr6:30520164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr6:30520172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B79,C73
Chr6:30520187 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B113,B19,B39,B45,B67,B85,B95,C64,D3
Chr6:30520192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B45,B69,D4
Chr6:30520194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr6:30520220 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B130,B132,B55,B60,C4
Chr6:30520220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B132,B55,B60,C4
Chr6:30520229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr6:30520246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B138,C25
Chr6:30520247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B67,B72,C53,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914976.1
ATGGAGCGGATCTTTAGATTTCTGCGATGTGATGATCTCGAGCGTCTTATGTGTATGTCGTATCAGCTTAAGGGGTCAGCGGATTTTTGGTGGGAAGCAAAGCAGAAAACCATGACCCCAGAACAAATGGCTGCTCTAACTTGGGAGCAATTTAAGATAACGTTGTGTGAAAAATATGTACCGCGAAGTTATCGAAAGAAGAAGGAGACGGAATTTGTAAATCTGAGGCAGGGAAACAAAACAGTAGCTGAGTACGATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990748
ATGGAGCGGATCTTTAGATTTCTGCGATGTGATGATCTCGAGCGTCTTATGTGTATGTCGTATCAGCTTAAGGGGTCAGCGGATTTTTGGTGGGAAGCAAAGCAGAAAACCATGACCCCAGAACAAATGGCTGCTCTAACTTGGGAGCAATTTAAGATAACGTTGTGTGAAAAATATGTACCGCGAAGTTATCGAAAGAAGAAGGAGACGGAATTTGTAAATCTGAGGCAGGGAAACAAAACAGTAGCTGAGTACGATCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770959.1
MERIFRFLRCDDLERLMCMSYQLKGSADFWWEAKQKTMTPEQMAALTWEQFKITLCEKYVPRSYRKKKETEFVNLRQGNKTVAEYDRLFCDLARNAPYRVDTDEKMSELFCSVLKQDIRVVLASQSALSYAEALNRALDMELAMQPEKTSQISVPQSNPNPQRGNQPFSGQGQKGKRKWEDRSREFKKPWQYQNAPP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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