Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002214

染色体: Chr06 坐标: 30948950-30949426 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002214
名称SmilChr06G002214
描述uncharacterized SmilChr06G002214
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向30948950 - 30949426 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990757
GeneID130990757
locus_tag-
NCBI NameLOC130990757
原始查询LOC130990757

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990757

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770969.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057770969.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770969.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770969.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770969.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:30949025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B69
Chr6:30949079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B114,B131,B33,C15
Chr6:30949081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:30949093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B131,B33,C15
Chr6:30949307 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A13,B130,C37
Chr6:30949307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B130,C37
Chr6:30949322 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B63,C32
Chr6:30949322 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B63,C32
Chr6:30949337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,C20,C37
Chr6:30949399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B45,D5
Chr6:30949405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914986.1
ATGTCTCTGTACCGGTTGATTTTTGGGAAGCAATGTCATCTACCTGTTGAGATGGAGCATAAAGCTTTTTGGGCCGTGAAGAAATTCTGTTTAGATGAGAAAGTCGTTGGTAAAGAGCGGAAATTTCAACTGCAAGAATTAGAGGAGATTCGATTAGAGGCGTATGATCATGCAAGTCGTTACAAGGAAAGAACCAAATTTTTACATGACAAAAACATTCGAAGAAAATCCTTTGAAGTTGGGCAGAAGGTTCTCTTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990757
ATGTCTCTGTACCGGTTGATTTTTGGGAAGCAATGTCATCTACCTGTTGAGATGGAGCATAAAGCTTTTTGGGCCGTGAAGAAATTCTGTTTAGATGAGAAAGTCGTTGGTAAAGAGCGGAAATTTCAACTGCAAGAATTAGAGGAGATTCGATTAGAGGCGTATGATCATGCAAGTCGTTACAAGGAAAGAACCAAATTTTTACATGACAAAAACATTCGAAGAAAATCCTTTGAAGTTGGGCAGAAGGTTCTCTTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770969.1
MSLYRLIFGKQCHLPVEMEHKAFWAVKKFCLDEKVVGKERKFQLQELEEIRLEAYDHASRYKERTKFLHDKNIRRKSFEVGQKVLLFNARLRIMPGKLKSRWLGPFEVVSVSPHGAVEIRSLETQKCFKVNGQVLKPYYAGVEMESFNALSMTSPTIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器