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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002226

染色体: Chr06 坐标: 31384361-31386741 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002226
名称SmilChr06G002226
描述uncharacterized SmilChr06G002226
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向31384361 - 31386741 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990761
GeneID130990761
locus_tag-
NCBI NameLOC130990761
原始查询LOC130990761

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=30.8; qcov=0.485; evalue=7.3e-16; confidence=low
RiceOs12g0156200
-
identity=26.7; qcov=0.489; evalue=5.73e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990761

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770976.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770976.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770976.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057770976.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057770976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:31384365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B39,C20,C65,C68
Chr6:31384367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr6:31384377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:31384536 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 4 B103,B125,B29,C54
Chr6:31384536 C CA 1bp_insertion CDS_variant 4 B103,B125,B29,C54
Chr6:31384552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr6:31384554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr6:31384583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B12,B66,B98
Chr6:31384596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:31384627 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B103,B33,B40,B9,C63,C66
Chr6:31384631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr6:31384652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914993.1
ATGGCCGGATTTTACTCAAGAAAGGACAGGCGCCTAGGTTCGCTGCCGACCTCTACTCGGAGCTCTCTGATATTTGAACCTTGGAGACTCCGATCCGGAATCCTCTTCCTTCAAGCTTGGACTCCGAATTTCAATCCGCACAAGCTCGATTCCTCTTTGGCTCAGGTTTGGGTGCGGATTTTCAACTTACCTCACGAGCTCTGGCATCCTGAGGTCATTACGGGTATTGCTCGCCAGGTGGGTACTCCTTTACTTATTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990761
ATGGCCGGATTTTACTCAAGAAAGGACAGGCGCCTAGGTTCGCTGCCGACCTCTACTCGGAGCTCTCTGATATTTGAACCTTGGAGACTCCGATCCGGAATCCTCTTCCTTCAAGCTTGGACTCCGAATTTCAATCCGCACAAGCTCGATTCCTCTTTGGCTCAGGTTTGGGTGCGGATTTTCAACTTACCTCACGAGCTCTGGCATCCTGAGGTCATTACGGGTATTGCTCGCCAGGTGGGTACTCCTTTACTTATTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770976.1
MAGFYSRKDRRLGSLPTSTRSSLIFEPWRLRSGILFLQAWTPNFNPHKLDSSLAQVWVRIFNLPHELWHPEVITGIARQVGTPLLIDGLSARASVGNFARILVEINVALEHPSFLDVQCDENTYEIEFRYEDMPTFCCVFSSFGHSTDNCRKMNPEANSDGTELPRPNRDSGQVTGRQGGRGRRRRGQSRRKRARNRTTTPSLAPPEGRNKDEQGADLSDSPVMDPQLKLVVEALRSEFGKMLHSEIEGVYDRIELMEQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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