当前解析结果
SmilChr06G002248| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002248 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002248 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002248 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 31898382 - 31902505 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990768 |
|---|---|
| GeneID | 130990768 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990768 |
| 原始查询 | LOC130990768 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G24255 (AT3G24255)RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=27.2; qcov=0.376; evalue=4.73e-44; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=27.9; qcov=0.58; evalue=5.92e-89; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03372 (Exo_endo_phos); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990768 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770983.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057770983.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057770983.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770983.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770983.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:31898427 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C4,D10 |
Chr6:31898437 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr6:31898439 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 52 | A1,A13,A20,A25,A7,B101,B105,B112,B115,B12,B120,B121,B122,B126,B130,B137,B14,B17,B2,B21,B25,B30,B34,B4,B47,B52,B54,B61,B64,B65,B80,B95,C1,C22,C23,C27,C29,C30,C31,C32,C34,C37,C42,C47,C52,C68,C70,C73,C81,C83,C87,D5 |
Chr6:31898444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,B1,B103,C57 |
Chr6:31898450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr6:31898462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr6:31898465 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr6:31898481 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,B86 |
Chr6:31898483 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | A2,A7,B32,B41,B94,C20 |
Chr6:31898520 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B104,B22,B36,C60 |
Chr6:31898520 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B104,B22,B36,C60 |
Chr6:31898521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 26 | A11,A14,B10,B108,B117,B122,B14,B140,B17,B20,B28,B32,B75,B76,B8,B89,B94,C1,C10,C17,C21,C41,C42,C52,C56,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770983.1PF03372
Exo_endo_phos 4-219 aa
PF00078
RVT_1 475-725 aa
PF13966
zf-RVT 986-1062 aa
PF13456
RVT_3 1189-1308 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770983.1 |
Pfam | PF03372 |
Exo_endo_phos | Domain | 4 | 219 | 3.8e-07 | 30.8 | Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family |
XP_057770983.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 475 | 725 | 3.7e-29 | 102.7 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057770983.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 986 | 1062 | 3.4e-17 | 63.6 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057770983.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1189 | 1308 | 2.4e-13 | 50.8 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。