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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002276

染色体: Chr06 坐标: 32626451-32627530 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002276
名称SmilChr06G002276
描述uncharacterized SmilChr06G002276
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向32626451 - 32627530 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990774
GeneID130990774
locus_tag-
NCBI NameLOC130990774
原始查询LOC130990774

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=38.9; qcov=0.15; evalue=2.31e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770990.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770990.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057770990.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770990.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057770990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:32626466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr6:32626634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B53,B94,C30,C59
Chr6:32626642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr6:32626685 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C9
Chr6:32626685 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 1 C9
Chr6:32626689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr6:32626691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr6:32626693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B37
Chr6:32626727 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B16,C30,C53,C74
Chr6:32626727 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 4 B16,C30,C53,C74
Chr6:32626745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C53,C74
Chr6:32626789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915007.1
ATGTTCGAGAAGTTTATGACGAACCAAGGAGCAACCAATCAGGGAAATCCCAACATTCGGAAGCCTGTGAAGGCATGCCAACTCTGCGTGGCAACTTCACATGCAACCGATGAATGTCCACAACTTTTCGAAGATGAAGAGCTTAATGCCATTGGACAACAGCCAGGAGGAAACAATGGAGGGCAGAACCAGAAACCTTTTGAGCCCTACAGACAGCAGTATAACAATCAAGGATGGAGGCAACATGAGAACCTTAGGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990774
ATGTTCGAGAAGTTTATGACGAACCAAGGAGCAACCAATCAGGGAAATCCCAACATTCGGAAGCCTGTGAAGGCATGCCAACTCTGCGTGGCAACTTCACATGCAACCGATGAATGTCCACAACTTTTCGAAGATGAAGAGCTTAATGCCATTGGACAACAGCCAGGAGGAAACAATGGAGGGCAGAACCAGAAACCTTTTGAGCCCTACAGACAGCAGTATAACAATCAAGGATGGAGGCAACATGAGAACCTTAGGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770990.1
MFEKFMTNQGATNQGNPNIRKPVKACQLCVATSHATDECPQLFEDEELNAIGQQPGGNNGGQNQKPFEPYRQQYNNQGWRQHENLRYGNNHYLGPNQGQTSNPPQYSQQPQQTRGSSLSELVHQMAQQQVKFQSETEKFIMETRGGMQNVNSQLSHLAQAVARLESKQGTLPSQVEVKKVNAMTLRGGKELPEAVTEKKREKSEINEQFGMGSADEEEFAREKEAKLKAIGKGKEKSSQTEPILPFPGRATKEQEKEELT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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