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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002316

染色体: Chr06 坐标: 33421258-33423414 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002316
名称SmilChr06G002316
描述uncharacterized SmilChr06G002316
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向33421258 - 33423414 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990781
GeneID130990781
locus_tag-
NCBI NameLOC130990781
原始查询LOC130990781

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G47580 (ASG7)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]
identity=39; qcov=1.01; evalue=4.4e-152; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990781

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057770997.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057770997.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057770997.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057770997.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770997.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:33421539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:33421986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C41,C58,C78
Chr6:33422207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C54,C86
Chr6:33422421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:33422626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr6:33422733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C16
Chr6:33422768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr6:33422836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr6:33422860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr6:33422938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915014.1
ATGCCTGAAAACGATCCAAACGTGGTGGAACAGCTGGAGGCGCCGATGCCGTGGATAGGCATGTATGCCGCCGTAGCATCGACGCTCTGCACGCTCGCCATGGCCGCCGACGTCTTCCACGGATTCCGGAGCAGAAAATACTGGTTCCCATCTAAATACTTGTCCCTCAACGCCACTTCCTTGGCTTTGCTATCCGTGGCAATGAAGCTCCCCGTGGATCTCACCACTAAAATGTACTCTGTCACCGACCGCCTTGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990781
ATGCCTGAAAACGATCCAAACGTGGTGGAACAGCTGGAGGCGCCGATGCCGTGGATAGGCATGTATGCCGCCGTAGCATCGACGCTCTGCACGCTCGCCATGGCCGCCGACGTCTTCCACGGATTCCGGAGCAGAAAATACTGGTTCCCATCTAAATACTTGTCCCTCAACGCCACTTCCTTGGCTTTGCTATCCGTGGCAATGAAGCTCCCCGTGGATCTCACCACTAAAATGTACTCTGTCACCGACCGCCTTGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770997.1
MPENDPNVVEQLEAPMPWIGMYAAVASTLCTLAMAADVFHGFRSRKYWFPSKYLSLNATSLALLSVAMKLPVDLTTKMYSVTDRLAKVSSLSFISIVMANFLTSLGSMDDKSLLMNVVALGIMVITITGNVCIQVIQMRSYLDLRRAFWEESVAMGLMLLLLLMFISSALTILSTKQFLETRYHDMHNSILNEEELVDITKKLRVLIKKYWVMAETSSPQFVMARSVTSTVSGIVSLIVAFNLVEAEIRIAVKEGIFDHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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