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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002356

染色体: Chr06 坐标: 34306879-34307881 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002356
名称SmilChr06G002356
描述uncharacterized SmilChr06G002356
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34306879 - 34307881 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990797
GeneID130990797
locus_tag-
NCBI NameLOC130990797
原始查询LOC130990797

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=52.5; qcov=0.327; evalue=5.78e-24; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771014.1
2 Telomere 端粒 0.40000 XP_057771014.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057771014.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771014.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771014.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34307203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B100,B87,D9
Chr6:34307209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B100,B87,D9
Chr6:34307236 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 10 A3,B107,B11,B17,B49,B79,B87,B9,B90,B92
Chr6:34307304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B37,C63
Chr6:34307365 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 15 A19,A5,B100,B112,B121,B73,B80,B98,C24,C43,C46,C49,C83,D1,D2
Chr6:34307399 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B80,C2,C32,C68,D3
Chr6:34307399 TA T 1bp_deletion CDS_variant 5 B80,C2,C32,C68,D3
Chr6:34307418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr6:34307420 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C2
Chr6:34307420 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 C2
Chr6:34307450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C80
Chr6:34307466 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 17 A3,B11,B17,B5,B62,B76,B79,B9,B92,C10,C28,C30,C32,C39,C68,C7,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915031.1
ATGTTGTATGACAACAGTATGGTGAATGACTATAAGTTTAAGGGAATGTACGACTACGTTCATATTGATGAGAAGTGGTTCTACTTGACGAAAAAGGATCAAACGTATTACTTACTCCCCAACGAAGAGGATCCTGATCGATCATGTCAAAGTAAAAATTTCATTGCGAAGGTCATGTTTTTAGCAGCCACGGCTCGTCCCAGATTTGATAATGACGGAAATGAAATATTTGATGGAAAAATAGGATGTTGGCCATTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990797
ATGTTGTATGACAACAGTATGGTGAATGACTATAAGTTTAAGGGAATGTACGACTACGTTCATATTGATGAGAAGTGGTTCTACTTGACGAAAAAGGATCAAACGTATTACTTACTCCCCAACGAAGAGGATCCTGATCGATCATGTCAAAGTAAAAATTTCATTGCGAAGGTCATGTTTTTAGCAGCCACGGCTCGTCCCAGATTTGATAATGACGGAAATGAAATATTTGATGGAAAAATAGGATGTTGGCCATTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771014.1
MLYDNSMVNDYKFKGMYDYVHIDEKWFYLTKKDQTYYLLPNEEDPDRSCQSKNFIAKVMFLAATARPRFDNDGNEIFDGKIGCWPFVTEQPAQRSSRNRDAGTMEMKAITSIKRETIKAFLIEKVIPAIQEKWPRTEQGETIFIQQDNARTHIPSDDPDFLAAISRSGLDIRLTCQPPNSPDFNILDLGFFRAIQSLQQKMRARNIRELVYAVEKAFYDYSPVKLNHVWSKKCLTEVASNKTPSH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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