Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002458`

染色体: Chr06 坐标: 35375065-35376459 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002458`
名称	SmilChr06G002458
描述	60S ribosomal protein L31-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	35375065 - 35376459 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990827`
GeneID	`130990827`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990827`
原始查询	`LOC130990827`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L31-like
产物	60S ribosomal protein L31-like
Arabidopsis	`AT2G19740` (AT2G19740) Ribosomal protein L31e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816493] identity=70.6; qcov=0.826; evalue=1.29e-52; confidence=high
Rice	`Os06g0319700` (OsRPL31) - identity=74.8; qcov=0.771; evalue=3.73e-42; confidence=medium
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01198 (Ribosomal_L31e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057771044.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057771044.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771044.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771044.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771044.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:35375068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B101,B140
`Chr6:35375127`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B10,B101,B140
`Chr6:35375127`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B10,B101,B140
`Chr6:35375140`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B66,B98
`Chr6:35375416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr6:35375430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C21
`Chr6:35376111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C37
`Chr6:35376170`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B66,B98
`Chr6:35376206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr6:35376235`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,C15,C54
`Chr6:35376264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,C23,C83
`Chr6:35376308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771044.1

144 aa

144

Ribosomal_L31e

PF01198 Ribosomal_L31e 51-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771044.1`	Pfam	`PF01198`	Ribosomal_L31e	Family	51	115	8.7e-32	109.9	Ribosomal protein L31e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915061.1
ATGGTGGAGAAGATTAACAAGCCAAGGAAAGAGGAGGTCGTCTCCACGGATGGTACTAATCCTTCTCTCTCTAGCCGTTATATCGAATCTGCGTTTGGTTTAGGTGATGAAATGTGCTCTTCTTTAAAAGATTGTAATTTGAAATGGTTTAAGTGTACCTTCAAGAAGAAGGCACCGAATGCCATCAAGGAAATTAGGAAATTTGCCCAAAAGGCCATGGGAACAAATGACGTAAGGGTTGATGTCAAGTTGAATAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990827
ATGGTGGAGAAGATTAACAAGCCAAGGAAAGAGGAGGTCGTCTCCACGGATGGTACTAATCCTTCTCTCTCTAGCCGTTATATCGAATCTGCGTTTGGTTTAGGTGATGAAATGTGCTCTTCTTTAAAAGATTGTAATTTGAAATGGTTTAAGTGTACCTTCAAGAAGAAGGCACCGAATGCCATCAAGGAAATTAGGAAATTTGCCCAAAAGGCCATGGGAACAAATGACGTAAGGGTTGATGTCAAGTTGAATAAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771044.1
MVEKINKPRKEEVVSTDGTNPSLSSRYIESAFGLGDEMCSSLKDCNLKWFKCTFKKKAPNAIKEIRKFAQKAMGTNDVRVDVKLNKHIWSRGIRSVPRRIRVRIARKRNDDEDAKDELYSLVTVAEIPEGGLKGLGTQVIEEEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器