当前解析结果
SmilChr06G002581| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002581 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002581 |
| 描述 | bifunctional protein FolD 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 37042183 - 37042758 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990855 |
|---|---|
| GeneID | 130990855 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990855 |
| 原始查询 | LOC130990855 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bifunctional protein FolD 2-like |
| 产物 | bifunctional protein FolD 2-like |
| Arabidopsis | AT3G12290 (AT3G12290)Amino acid dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820409] identity=77.9; qcov=0.98; evalue=5.12e-76; confidence=high |
| Rice | Os05g0150800- identity=76.9; qcov=0.966; evalue=4.21e-75; confidence=high |
| GO | GO:0004477 (methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity); GO:0004488 (methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0035999 (tetrahydrofolate interconversion) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02882 (THF_DHG_CYH_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990855 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057771068.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057771068.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057771068.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771068.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771068.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:37042332 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C43 |
Chr6:37042332 |
CAG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr6:37042674 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771068.1PF02882
THF_DHG_CYH_C 1-144 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771068.1 |
Pfam | PF02882 |
THF_DHG_CYH_C | Domain | 1 | 144 | 1.5e-53 | 180.9 | Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。