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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002612

染色体: Chr06 坐标: 37565396-37566606 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002612
名称SmilChr06G002612
描述uncharacterized SmilChr06G002612
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37565396 - 37566606 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990866
GeneID130990866
locus_tag-
NCBI NameLOC130990866
原始查询LOC130990866

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=37.9; qcov=0.586; evalue=9.03e-42; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990866

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771078.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057771078.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057771078.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771078.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771078.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37565415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B128,B68
Chr6:37565428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B24,B56,B96,C85
Chr6:37565434 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 34 A11,A15,A4,B105,B108,B119,B125,B137,B138,B39,B4,B46,B63,B82,C11,C13,C16,C18,C23,C27,C41,C46,C60,C62,C65,C67,C68,C72,C8,C84,C9,D3,D7,D8
Chr6:37565467 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 37 B11,B115,B124,B127,B132,B136,B139,B14,B140,B16,B29,B47,B48,B58,B68,B71,B78,C16,C18,C22,C23,C27,C29,C35,C44,C48,C54,C56,C6,C61,C64,C66,C68,C7,C75,C85,C86
Chr6:37565475 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B104,B23,B61,C5
Chr6:37565475 CT C 1bp_deletion CDS_variant 4 B104,B23,B61,C5
Chr6:37565476 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 69 A1,A10,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A23,A25,A5,A6,A7,A8,B101,B107,B11,B113,B122,B13,B134,B137,B24,B29,B32,B41,B47,B48,B49,B50,B58,B60,B66,B67,B69,B7,B79,B84,B86,B94,B97,B98,B99,C11,C14,C18,C28,C3,C30,C33,C34,C38,C39,C40,C42,C5,C51,C52,C54,C55,C56,C69,C70,C71,C74,C83,C87,D1,D3
Chr6:37565501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B69,B78
Chr6:37565509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr6:37565515 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 90 A10,A11,A14,A19,A2,A20,A22,A5,A9,B100,B101,B102,B103,B113,B115,B117,B120,B124,B127,B128,B131,B133,B139,B14,B140,B16,B17,B20,B21,B23,B26,B29,B32,B36,B41,B46,B47,B52,B53,B55,B58,B61,B64,B66,B72,B75,B76,B77,B79,B80,B83,B84,B88,B97,B98,C11,C14,C2,C21,C22,C23,C24,C27,C3,C32,C38,C4,C43,C50,C53,C54,C56,C59,C63,C64,C68,C70,C71,C72,C76,C80,C81,C83,C86,C87,D1,D2,D5,D6,D8
Chr6:37565524 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 71 A11,A19,A2,B1,B104,B106,B115,B119,B120,B123,B127,B128,B13,B133,B135,B136,B139,B14,B15,B19,B22,B23,B25,B28,B39,B4,B40,B44,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B64,B68,B70,B71,B78,B81,B83,B96,B97,B98,C1,C16,C17,C18,C21,C22,C27,C28,C29,C4,C43,C44,C53,C56,C58,C59,C61,C67,C68,C70,C74,C78,C8,C85,C86,D8
Chr6:37565568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915095.1
ATGAGAAGAAAAGATCTAAGTAGTGGAGAAAGGAACACCATTGTTCAATTCCTTCTTCAAGATAGCAAAAACGGCAAGCCGAAGAGAGGGAAGATCCAAGAAGCCATTGTCAAATTCGGAAACTCTAGGAGGATCGTGAGTCGGCTTTGGGCTGCGACAAAAAAACAACAAGAAATAGGTGAGCACATTCATTCGGCAAGCATGAAAATACATCGACCACATAGAAAAAGAGTGCAAATCGACTTAGAGCTAATTTCCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990866
ATGAGAAGAAAAGATCTAAGTAGTGGAGAAAGGAACACCATTGTTCAATTCCTTCTTCAAGATAGCAAAAACGGCAAGCCGAAGAGAGGGAAGATCCAAGAAGCCATTGTCAAATTCGGAAACTCTAGGAGGATCGTGAGTCGGCTTTGGGCTGCGACAAAAAAACAACAAGAAATAGGTGAGCACATTCATTCGGCAAGCATGAAAATACATCGACCACATAGAAAAAGAGTGCAAATCGACTTAGAGCTAATTTCCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771078.1
MRRKDLSSGERNTIVQFLLQDSKNGKPKRGKIQEAIVKFGNSRRIVSRLWAATKKQQEIGEHIHSASMKIHRPHRKRVQIDLELISSLELSKRSTIRRLASGINCSKSTVGRWISKGLIKAHTSAIRPDLTVLNKLLRLRFILEAIEYDCILKVLQFKDMHNTVHIDEKWFYITKVNHRFYLTPGEAEPHRTCKSKKFIKKVMFMCAVCRPIFAEDGSVLFDGKIGIWPFTELVLAKRNNKNLEAGTLELKPIESITKQV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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