当前解析结果
SmilChr06G002612| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002612 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002612 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002612 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 37565396 - 37566606 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990866 |
|---|---|
| GeneID | 130990866 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990866 |
| 原始查询 | LOC130990866 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=37.9; qcov=0.586; evalue=9.03e-42; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990866 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771078.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057771078.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057771078.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771078.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771078.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:37565415 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B128,B68 |
Chr6:37565428 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B24,B56,B96,C85 |
Chr6:37565434 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 34 | A11,A15,A4,B105,B108,B119,B125,B137,B138,B39,B4,B46,B63,B82,C11,C13,C16,C18,C23,C27,C41,C46,C60,C62,C65,C67,C68,C72,C8,C84,C9,D3,D7,D8 |
Chr6:37565467 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 37 | B11,B115,B124,B127,B132,B136,B139,B14,B140,B16,B29,B47,B48,B58,B68,B71,B78,C16,C18,C22,C23,C27,C29,C35,C44,C48,C54,C56,C6,C61,C64,C66,C68,C7,C75,C85,C86 |
Chr6:37565475 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B104,B23,B61,C5 |
Chr6:37565475 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B104,B23,B61,C5 |
Chr6:37565476 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 69 | A1,A10,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A23,A25,A5,A6,A7,A8,B101,B107,B11,B113,B122,B13,B134,B137,B24,B29,B32,B41,B47,B48,B49,B50,B58,B60,B66,B67,B69,B7,B79,B84,B86,B94,B97,B98,B99,C11,C14,C18,C28,C3,C30,C33,C34,C38,C39,C40,C42,C5,C51,C52,C54,C55,C56,C69,C70,C71,C74,C83,C87,D1,D3 |
Chr6:37565501 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B29,B69,B78 |
Chr6:37565509 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr6:37565515 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 90 | A10,A11,A14,A19,A2,A20,A22,A5,A9,B100,B101,B102,B103,B113,B115,B117,B120,B124,B127,B128,B131,B133,B139,B14,B140,B16,B17,B20,B21,B23,B26,B29,B32,B36,B41,B46,B47,B52,B53,B55,B58,B61,B64,B66,B72,B75,B76,B77,B79,B80,B83,B84,B88,B97,B98,C11,C14,C2,C21,C22,C23,C24,C27,C3,C32,C38,C4,C43,C50,C53,C54,C56,C59,C63,C64,C68,C70,C71,C72,C76,C80,C81,C83,C86,C87,D1,D2,D5,D6,D8 |
Chr6:37565524 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 71 | A11,A19,A2,B1,B104,B106,B115,B119,B120,B123,B127,B128,B13,B133,B135,B136,B139,B14,B15,B19,B22,B23,B25,B28,B39,B4,B40,B44,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B64,B68,B70,B71,B78,B81,B83,B96,B97,B98,C1,C16,C17,C18,C21,C22,C27,C28,C29,C4,C43,C44,C53,C56,C58,C59,C61,C67,C68,C70,C74,C78,C8,C85,C86,D8 |
Chr6:37565568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。