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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003209

染色体: Chr01 坐标: 50864954-50866673 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003209
名称SmilChr01G003209
描述uncharacterized SmilChr01G003209
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50864954 - 50866673 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990878
GeneID130990878
locus_tag-
NCBI NameLOC130990878
原始查询LOC130990878

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990878

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057771089.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771089.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771089.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771089.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771089.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50865400 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 12 B101,B132,B35,B5,B63,B65,B73,B79,C48,C81,D2,D5
Chr1:50865458 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A11,B100,B102,B112,B40,B67,B72,B85,B9,B95,C12,C16,C29,C66,C74,D3
Chr1:50865465 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr1:50865465 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr1:50866436 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 7 B17,B41,B57,C20,C40,C49,C56
Chr1:50866486 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 56 A18,B100,B104,B114,B118,B122,B123,B134,B136,B139,B17,B20,B22,B27,B32,B33,B38,B4,B43,B46,B47,B48,B52,B54,B56,B57,B69,B7,B71,B78,B83,B85,B88,B91,B96,B98,B99,C12,C19,C20,C22,C32,C37,C4,C40,C43,C46,C49,C5,C54,C56,C59,C76,C78,D2,D8
Chr1:50866510 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 59 A10,A18,A2,A22,A25,A5,A7,B10,B101,B106,B110,B117,B124,B135,B136,B17,B21,B25,B35,B38,B39,B40,B49,B58,B59,B60,B62,B66,B68,B70,B71,B79,B80,B81,B82,B84,B87,B89,B99,C1,C12,C13,C23,C3,C33,C35,C36,C48,C52,C58,C61,C64,C66,C74,C76,C84,C87,D5,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090977.1
TAATGGAATACATTTTTTAGAGCTCACAGCCACTCTCTCTCCTACGTGGCGCTCTCAAAAACCTCTATTTCTTCCTCTTTGAATTCTTCTAAGCCAAAGGCGTTTCATAAATAGGCGTTTCTCAATTTCTCTATTTCTTCCCCCCTCTCCCTAATCATAAAAAAAAGGCGTTTCATTTATTTATGTAAGGCAATCACCACATCACAAGGGGATCATTAATCTCCTAATCTCTTTAATCATTAATTAAGAGATTTCAAAGA...
XR_009090974.1
ATACATTTTTTAGAGCTCACAGCCACTCTCTCTCCTACGTGGCGCTCTCAAAAACCTCTATTTCTTCCTCTTTGAATTCTTCTAAGCCAAAGGCGTTTCATAAATAGGCGTTTCTCAATTTCTCTATTTCTTCCCCCCTCTCCCTAATCATAAAAAAAAGGCGTTTCATTTATTTATGTAAGGCAATCACCACATCACAAGGGGATCATTAATCTCCTAATCTCTTTAATCATTAATTAAGAGATTTCAAAGAGCCCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990878
ATGGCTGCAAACGCATTTTGCCCACAAATTGGAAGGTGCTTCTGTCTATCTCTCTCTCTATTTCATTCGATAGCCCAAATTTGGGAGGTGCTTCATCCATGGCTGCAATCGTCTTTTCCCCACAACTACAGATCCATGAATCAAGTTTCAGTGATTGATCCGTCGTTAGAGCTCCTATCCTGCTGCTTCATCTATGGTTGTATCGTTCATCAACATCTCTTACAGATTCATGAATCAATGCTTGGGGGGAAAGTTTCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771089.1
MAANAFCPQIGRCFCLSLSLFHSIAQIWEVLHPWLQSSFPHNYRSMNQVSVIDPSLELLSCCFIYGCIVHQHLLQIHESMLGGKVSTAATLSTATGVLVIPLYCALTQWLTNALTADSLQSFCTNQVYVVH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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