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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002704

染色体: Chr06 坐标: 39020807-39021985 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002704
名称SmilChr06G002704
描述uncharacterized SmilChr06G002704
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向39020807 - 39021985 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990895
GeneID130990895
locus_tag-
NCBI NameLOC130990895
原始查询LOC130990895

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=29.4; qcov=0.704; evalue=9.46e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990895

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771106.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057771106.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057771106.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771106.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771106.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:39020812 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 12 A7,B115,B139,B25,B74,B78,C18,C21,C22,C29,C44,C56
Chr6:39020827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B51
Chr6:39020867 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 9 A7,B115,B139,B74,C18,C22,C29,C44,C56
Chr6:39020871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C2
Chr6:39020876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B124,B20,C58
Chr6:39020939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,D2
Chr6:39020954 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A10,B48,C64,C66,D5
Chr6:39020954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B48,C64,C66,D5
Chr6:39020965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:39021001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B51
Chr6:39021027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B122,B135,D10
Chr6:39021061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B62,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915123.1
ATGGAAGACGTGTTGATCCAGGCTTGGGCTCAAATCAAATGGGAAGAGGACCAGTACAACATGCAAAGAGTCTTCCCGCCAGAGAGACTTGAAAGAGACTACATGGTCGACAGGAGATCCGGTTGTGACAATCGTGATAGACGAAGTGAGCCTTACACGCCATCTCACAGAGGGAACAGAGGGAGAGGAGACTACGATCAAGCACCAAGTACGCGCCCGCATGAAAGAGCAAAACTCCCAGAATACCTTCTATCCATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990895
ATGGAAGACGTGTTGATCCAGGCTTGGGCTCAAATCAAATGGGAAGAGGACCAGTACAACATGCAAAGAGTCTTCCCGCCAGAGAGACTTGAAAGAGACTACATGGTCGACAGGAGATCCGGTTGTGACAATCGTGATAGACGAAGTGAGCCTTACACGCCATCTCACAGAGGGAACAGAGGGAGAGGAGACTACGATCAAGCACCAAGTACGCGCCCGCATGAAAGAGCAAAACTCCCAGAATACCTTCTATCCATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771106.1
MEDVLIQAWAQIKWEEDQYNMQRVFPPERLERDYMVDRRSGCDNRDRRSEPYTPSHRGNRGRGDYDQAPSTRPHERAKLPEYLLSISPVEAVTALMNLGDKVSWPEKMRAPPDQRDRSKWCDFHSDHGHRTDECIALRLEVASLLKKGHLTNYLTDKGKQTLHGVTHSAAKRHTRQARSSKSGVPPPGKTGTTDPTQLISFATSESDKLLHPHHDALVISVFIANCLTKRVLIDNGSSANILFYSAYREMGLDESKLIKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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