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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002745`

染色体: Chr06 坐标: 39875944-39887509 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002745`
名称	SmilChr06G002745
描述	uncharacterized SmilChr06G002745
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	39875944 - 39887509 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990904`
GeneID	`130990904`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990904`
原始查询	`LOC130990904`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=28.5; qcov=0.171; evalue=1.04e-15; confidence=weak
Rice	`Os11g0672600` - identity=30.6; qcov=0.526; evalue=1.12e-54; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057771115.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057771115.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057771115.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771115.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771115.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:39876036`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B124,B16,B6,C22,C67
`Chr6:39876036`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B16,B6,C22,C67
`Chr6:39876062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B16,B6,C22,C67
`Chr6:39881676`	`CT`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B38,D7
`Chr6:39881682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C82,D4
`Chr6:39881684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,D7
`Chr6:39881686`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr6:39881689`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C82
`Chr6:39881689`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C82
`Chr6:39881745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr6:39881749`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,C21,D1
`Chr6:39881750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,C32,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771115.1

926 aa

463

926

RVT_1

RNase_H

RVT_3

PF00078 RVT_1 137-396 aa PF00075 RNase_H 649-771 aa PF13456 RVT_3 651-770 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771115.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	137	396	3.8e-29	102.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057771115.1`	Pfam	`PF00075`	RNase_H	Domain	649	771	5.8e-07	30.5	RNase H
`XP_057771115.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	651	770	7.9e-19	68.5	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915132.1
ATGTTGAGATACAAGAGAAAACTTCATGTGGTTTCTCACCTTAATATTGGGGGTAATGTGGTTTATGATCAGGTCACGATCAGTCAGCACATTGTGCAATACTTTTCCAATCTTTTTGAAGAGGATAATCATGCTGATGTTGACATTGTGGAGATTGAGGCGAATATTGATTCTGTTATTGATGATTATCATAATGCCCTCCTCACAAAAATCCCGGATGAGGATGAGATCACAGCGACTATTTTTGGTATGGATGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990904
ATGTTGAGATACAAGAGAAAACTTCATGTGGTTTCTCACCTTAATATTGGGGGTAATGTGGTTTATGATCAGGTCACGATCAGTCAGCACATTGTGCAATACTTTTCCAATCTTTTTGAAGAGGATAATCATGCTGATGTTGACATTGTGGAGATTGAGGCGAATATTGATTCTGTTATTGATGATTATCATAATGCCCTCCTCACAAAAATCCCGGATGAGGATGAGATCACAGCGACTATTTTTGGTATGGATGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771115.1
MLRYKRKLHVVSHLNIGGNVVYDQVTISQHIVQYFSNLFEEDNHADVDIVEIEANIDSVIDDYHNALLTKIPDEDEITATIFGMDASSSPGPDGFSGKFFHHCWGIIKEDIFRAVRTFFQKSYLPNGCNSSRLVLLPKKDEVQSVTDLRPIVLSNFFYKIIPKILATRLSVVSARYVTANQFGFISGRSIHDCIMLGSEGMNCMRRTGGGINMACKIDITKAFDTLRWDFLLKVLRVGGYDSKFVRWIEIILRSARLSIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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