Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002776`

染色体: Chr06 坐标: 40448748-40450016 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002776`
名称	SmilChr06G002776
描述	uncharacterized SmilChr06G002776
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	40448748 - 40450016 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990908`
GeneID	`130990908`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990908`
原始查询	`LOC130990908`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=30.1; qcov=0.346; evalue=2.13e-18; confidence=low
Rice	`Os09g0268800` - identity=25.9; qcov=0.32; evalue=4.25e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057771119.1`
2	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.60000	`XP_057771119.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057771119.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057771119.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057771119.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:40448768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B122,B58,B95,C27
`Chr6:40448769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr6:40448826`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr6:40448841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C13,C4
`Chr6:40448861`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr6:40448874`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C65
`Chr6:40448876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:40448897`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A24,B20,B31,B40,B48,B71,B94,C42,C51,C52,C61,C76,C80
`Chr6:40448924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr6:40448960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B72
`Chr6:40448960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr6:40448978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	45	A2,A21,A24,A3,A9,B106,B122,B124,B132,B135,B137,B20,B22,B23,B35,B40,B56,B59,B62,B65,B66,B71,B80,B82,B85,B94,B96,B98,C10,C13,C14,C17,C39,C4,C40,C48,C51,C52,C56,C59,C60,C78,C80,D3,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915136.1
ATGGGGAAAGGATTCTTTACGCTAAAGTTTAAGTCCATGGAGGATAAAAAGATTGCAAAAGCCAAGCCTGTTTTGGAGTTGACTTCGGGGTGCGTTAGACTACGCGAATGGACAAAATTCTTTGACCCTTATAAAGAATCGTCATCCATAGCACAAATCTGGGTGAGAATTTATAATCTCCCCTTGGAGTTTTGGCATCCAGAGGTGATTGCGGTTATTGGACGTGCGGTAGGGCATCCGATTCGTATTGAAAGTAGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990908
ATGGGGAAAGGATTCTTTACGCTAAAGTTTAAGTCCATGGAGGATAAAAAGATTGCAAAAGCCAAGCCTGTTTTGGAGTTGACTTCGGGGTGCGTTAGACTACGCGAATGGACAAAATTCTTTGACCCTTATAAAGAATCGTCATCCATAGCACAAATCTGGGTGAGAATTTATAATCTCCCCTTGGAGTTTTGGCATCCAGAGGTGATTGCGGTTATTGGACGTGCGGTAGGGCATCCGATTCGTATTGAAAGTAGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771119.1
MGKGFFTLKFKSMEDKKIAKAKPVLELTSGCVRLREWTKFFDPYKESSSIAQIWVRIYNLPLEFWHPEVIAVIGRAVGHPIRIESSAAAGAVGHFARVLIEVDLSTPLLEGVYIDEGTSSCYVKFSYESMPLYCSRCRITGHTVDRCRRHPDKPVAVANESRPVETNKSWQSKDRTEENLEKGEGARITSKSNGASSSTNTNSNRFAALTEDVEVEMPILGSRATVEIEPNPLGTLPSGRDSREQVTMQVVDASPVTLVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器