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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002862

染色体: Chr06 坐标: 41457799-41515810 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002862
名称SmilChr06G002862
描述early nodulin-like protein 17
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41457799 - 41515810 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990970
GeneID130990970
locus_tag-
NCBI NameLOC130990970
原始查询LOC130990970

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 17
产物early nodulin-like protein 17
ArabidopsisAT5G15350 (ENODL17)
early nodulin-like protein 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831387]
identity=56.2; qcov=0.945; evalue=2.06e-47; confidence=medium
RiceOs09g0557900 (OsENODL21)
-
identity=40.8; qcov=0.938; evalue=4.45e-27; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990970

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057771160.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057771160.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057771160.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771160.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771160.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41457813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C47
Chr6:41457818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C37
Chr6:41457838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C53
Chr6:41457840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C33,C46,C48
Chr6:41457894 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 20 B102,B119,B123,B124,B135,B33,B53,B60,B71,B85,B94,B98,C18,C19,C42,C48,C63,C65,C72,C82
Chr6:41457898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr6:41457902 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 94 A14,A20,A21,A22,A8,A9,B1,B102,B106,B108,B109,B110,B117,B119,B121,B122,B123,B124,B128,B13,B131,B133,B135,B136,B137,B139,B18,B21,B24,B26,B31,B33,B36,B37,B40,B43,B47,B48,B50,B52,B53,B56,B58,B60,B68,B69,B7,B71,B73,B74,B77,B85,B86,B88,B89,B9,B93,B94,B97,B98,C10,C11,C14,C18,C19,C22,C23,C27,C29,C3,C30,C31,C34,C38,C42,C44,C48,C5,C52,C54,C56,C60,C61,C63,C65,C67,C69,C7,C71,C72,C74,C82,C87,D4
Chr6:41457911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B78
Chr6:41457914 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B110,B68,C14
Chr6:41457914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B68,C14
Chr6:41457933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B78
Chr6:41457946 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A8,B105,B115,B20,B56,B70,C3,C34,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771160.1
128 aa
N
1
64
128
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 39-121 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771160.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 39 121 6e-21 75.0 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915177.1
ATGGCTCAATCCAACGCCAGGGGAGTTCTGTTGGCAGCGGCGGCGCTCCTGTTTGCGACGGTGATGTTGCCGGAGGTGGCGGCGGTGCGTTACATAGTAGGTGGCAACATGGGCTGGAGCCAAAGTGTGAACTACACAATTTGGGCTCAGGACAAGAAGTTCTACAATGGGGATTGGCTCTTTTTCGTGTACGATAGGAACCAGATGAACGTTCTTGAGGTAAACAAGACAAATTTCGAGAGCTGCAACTCCGAGCATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990970
ATGGCTCAATCCAACGCCAGGGGAGTTCTGTTGGCAGCGGCGGCGCTCCTGTTTGCGACGGTGATGTTGCCGGAGGTGGCGGCGGTGCGTTACATAGTAGGTGGCAACATGGGCTGGAGCCAAAGTGTGAACTACACAATTTGGGCTCAGGACAAGAAGTTCTACAATGGGGATTGGCTCTTTTTCGTGTACGATAGGAACCAGATGAACGTTCTTGAGGTAAACAAGACAAATTTCGAGAGCTGCAACTCCGAGCATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771160.1
MAQSNARGVLLAAAALLFATVMLPEVAAVRYIVGGNMGWSQSVNYTIWAQDKKFYNGDWLFFVYDRNQMNVLEVNKTNFESCNSEHPLHNWTTGAGRDVVPLNVTKTFYFINGKGFCFGGMKVAIHVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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