Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003139`

染色体: Chr06 坐标: 44332796-44334544 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003139`
名称	SmilChr06G003139
描述	uncharacterized SmilChr06G003139
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44332796 - 44334544 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991020`
GeneID	`130991020`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991020`
原始查询	`LOC130991020`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os12g0292200` - identity=27; qcov=0.278; evalue=1.53e-08; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057771204.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057771204.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057771204.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057771204.1`
5	Stress granule	Stress granule	0.20000	`XP_057771204.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44332801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr6:44333274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B68
`Chr6:44333316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,B68,B79,C48
`Chr6:44333345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B62
`Chr6:44333345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr6:44333348`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B3
`Chr6:44333348`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B3
`Chr6:44333351`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B3
`Chr6:44333351`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B3
`Chr6:44333353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr6:44333375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A11,A13,B113,B19,B20,B25,B58,B76,C3,C42,C54,C58,C78,D3
`Chr6:44333429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915221.1
ATGCCGAGTGAGGATGCCTTACAATTCATTCGTGATTTCTGCACTCAAGTGCAGACCTTTCCACTACTGGAGCTTACCGAGGATCAGCTGAGACTCAAATGCTTACCTTATGCACTCAAGGACCGGGCTAGAACATGGCTGCTATCCCTGCCACCGAACTCCATTACCACATGGGCAGAGGTTATGGTGGACAGTACCGCTGGGGGTAACATTGCCCGAAAGACAGCTGATGAGCTCAAAGAGATCTTCACCACTCTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991020
ATGCCGAGTGAGGATGCCTTACAATTCATTCGTGATTTCTGCACTCAAGTGCAGACCTTTCCACTACTGGAGCTTACCGAGGATCAGCTGAGACTCAAATGCTTACCTTATGCACTCAAGGACCGGGCTAGAACATGGCTGCTATCCCTGCCACCGAACTCCATTACCACATGGGCAGAGGTTATGGTGGACAGTACCGCTGGGGGTAACATTGCCCGAAAGACAGCTGATGAGCTCAAAGAGATCTTCACCACTCTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771204.1
MPSEDALQFIRDFCTQVQTFPLLELTEDQLRLKCLPYALKDRARTWLLSLPPNSITTWAEVMVDSTAGGNIARKTADELKEIFTTLAASSQQKSVRGRRVEANAVAPNNELQKQVADLMRQVQQLRMNQVEPQPVQAPPAQAPLAQAPPSEGCGICGDFSHGTNECHRMGEFIPEGEAEVYAAQGYLGRPQFEQRPIFTQGQQNSNSEMTKQNMESQSATIKRLETTVGQLSGTLNQMQQQQQPGKLHGQGLQPHQAQAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器